中国审计学会的最高决策机构是会员代表大会，拥有制定和修改章程、选举和罢免理事、审议工作报告和财务报告、决定学会终止及重大事项等权力。理事会作为执行机构，由会员代表大会选举产生，包括会长、副会长、秘书长和常务理事等职务。会长翟熙贵（原国家审计署副审计长）担任法定代表人，负责召集和主持理事会、常务理事会，监督决议执行并代表学会签署重要文件。秘书长刘达朱（兼）则主持日常事务，包括组织工作计划、协调各部门工作、提名重要职位人选等。
学会内部设有学术委员会、培训工作委员会和编辑部，学术委员会负责课题计划的拟定与研讨活动的组织指导，培训工作委员会负责会员培训，编辑部则负责《审计研究》期刊的编辑出版。目前，学会已历经五届，拥有单位会员106个，个人会员435人，理事会成员共计186人，常务理事35人。第六届理事会的领导成员包括会长翟熙贵，副会长石爱中、李清和、张立民、秦荣生、王家新以及刘达朱（兼秘书长）等。
中国审计学会是研究审计科学的群众性学术团体，从审计学术和实务的需要出发，总结中国的经验，借鉴外国的经验，加强审计理论、技术、方法的研究，探索具有中国特色审计工作路子。为有组织、有计划地开展审计理论研究，将分散的审计科研力量适当地集中起来，统筹安排和组织审计科研工作。其为国家审计署于明涛审计长在1984年3月举行的第一次全国审计工作会议上提出建立的。