如果二手车的合格证丢失了，车主应该尽快补办，否则可能会影响车辆的上路和交易。补办合格证需要以下步骤：
1. 原车主需要提供车辆的登记证、行驶证和身份证等证件，以及购车者的身份证或居留证。如果原车主是外国户口，还需要提供临时居留证件。
2. 车主需要进行车辆评估，评估费用一般按照车辆价格的1%-2%计算，同时还需要支付约165元的车牌、行驶证等费用。
3. 原车主的商业险可以退保，但交强险不能退保。如果需要，车主可以将保险过户到买车人的名下。
以上是二手车过户的常规手续，如果车主需要补办合格证，可以到当地的车辆管理所或相关部门进行办理。需要注意的是，二手车没有新车那样的合格证，因为合格证是新车上牌时才有的。如果丢失了合格证，车主应该尽快进行补办，以免影响车辆的使用和交易。同时，车主在购车时也应该注意检查车辆的相关证件和手续，以避免不必要的麻烦。