特许经营合同种类繁多，概括而言，可以分为“全规定记载型”和“分离记载型”两类。
(一)全规定记载型所谓全规定记载型，是指将特许经营合同涉及的全部约定内容集中汇编在一份合同书中而不附录其他文件的格式。通常，此种格式合同书在特许连锁化刚刚起步､未步入成熟发展期的总部的合同书中较为多见，也是目前国内相关书籍中介绍的格式。在我国，特许经营的发展算来已有近十年的历史，为何我国的特许连锁总也长不大特许连锁系统运营总是不顺畅究其原因，特许经营合同书的构成方法应是最大的问题。通常，特许经营合同书的内容构成，应是在明确合同当事人双方的权利､义务的基础上，对运营中必要的相互关联事项进行成文化，在时间序列上也包括合同履行中与合同终止后的事项。如果考虑到连锁系统运营的复杂性，那么将所有内容全部组合在一起汇集于一个文本中，事实上是很困难的，也无法实践。因此，目前国外的现状是分离记载型成为主流。
(二)分离记载型所谓分离记载型，是将合同的主要内容规定于特许经营合同书中，而对有关涉及具体问题的规定分门别类地做成合同书的附属文件，共同组合为合同书的形式。实际上，分离记载合同书可称为“特许经营合同书体系”，内容构成庞大，涉及连锁系统的方方面面，并且，凝聚着特许经营合同制作的技巧､经验，异常复杂。特许经营合同中细节问题订得越实际，则越有助于维持一个健康的长期关系。①而且，特许经营还会涉及合同当事人以外的人的利益，如整个特许体系中的其他被特许者､消费者。由于特许合同只是特许者事先拟好的格式合同，合同的内容当然会因特许者的利益而有所取舍。因此，规范合同内容将是必要的。尽管特许业务不同，特许权也会相应有所区别，但下列条款应是所有种类的特许经营合同都必须具备的。
1.授予特许权条款这是特许经营合同的核心，是首要条款。特许者同意授予被特许者特许权。具体包括特许权的内容､范围､期限､地域。
2.特许者的服务条款特许者提供的服务是特许权的重要组成部分。没有服务，特许店甚至特许体系将难以维持下去。特许者的服务由初始服务､持续服务构成。如对被特许者的培训和指导。
3.特许费及其他费用的支付特许费是特许者转让特许权所取得的收入。一般分为两部分:一是加盟费，这是固定的，二是使用费，一般是根据受许方一年毛收入的一定的百分比来计算。其他费用主要是广告促销费､培训费等，具体由谁负担，也取决于特许方和受许方的约定。
4.品质管理条款高品质标准是保证特许经营成功的关键，不能在一个业务单位中保持品质标准，就会损害整个特许体系的利益。这些要求和规格一般写在业务操作手册中，被特许者应严格遵守业务操作手册的内容。
5.保密条款合同的核心是特许权，而特许权是由商标､专利､商业秘密等知识产权构成的一个有机组合体。尤其是商业秘密，一旦泄密，无可挽回，必然严重损害特许者的利益，故应予以约定。
单体特许经营合同是典型意义上的特许经营合同，包含了特许经营合同的基本要素。
单体特许经营合同的一方是特许权的所有者(即特许人)，另一方是特许权的直接使用者(即被特许人)。单体特许经营合同体现的是特许权所有者与特许权直接使用者的权利义务关系，法律关系相对较简单。单体特许经营合同适用于特许人直接发展加盟商，是特许经营最经常采用的合同形式。
复合特许经营合同分为区域特许经营合同和特许权代理合同。区域特许经营合同的特点是：
第一，合同主体一方是特许权的所有者，另一方是区域特许商。区域特许商除了自己直接使用特许权以外，还以自己的名义发展和管理区域加盟商;
第二，区域特许经营合同包含区域开发的内容;
第三，与单体特许经营合同相比较，区域特许经营合同相对复杂。
另一类复合特许经营合同是特许权代理合同。特许权代理合同主体一方是特许权的所有者，另一方是经授权在特定地域销售特许权的代理商。代理商以特许权所有者的名义发展加盟商，代理商的利润来源是代理佣金。这是它与区域特许经营合同的区别。