转录组学基础——什么是RNA-seq

Question

如题所述

Answer 1

RNA-Seq（RNA sequencing），也称为全转录组测序，是一种利用深度测序技术来研究样本的RNA组成的技术。这种技术能够提供关于细胞中RNA存在性和丰度的信息，可以用来鉴定和量化在特定时间点或条件下所有类型的RNA分子，包括mRNA、非编码RNA和小RNA。
RNA-Seq开始于RNA的抽取和纯化。接着，通常会使用一种叫作逆转录的过程将RNA转化为cDNA。为了能够进行测序，cDNA会被切割成更小的片段。这些片段随后通过一台测序机器进行测序，通常产生数百万到数十亿的短序列读取，称为“reads”。随后，这些reads会被比对到一个参考基因组或者组装成转录本。
RNA-Seq的一个重要优势是它的动态范围很宽，能检测从非常低到非常高表达水平的基因，而且不需要特定的前提知识，例如基因表达的先验设计探针。它可以检测新的转录本、剪接变体和单个核苷酸多态性（SNPs），甚至可以用来识别基因融合事件。通过比较不同样本的测序数据，可以鉴定出差异表达的基因，这对于理解疾病机制和发现新的药物靶标至关重要。

Answer 2

当进行转录组学数据分析时，会发现有两种数据。一种被称为芯片数据（Microarray data)，另一种是下一代测序技术（NGS）得到的数据（eg，二代测序，三代测序）。

目录
1. Microarray: 芯片数据
2. NGS (Next Generation Sequencing)
3. RNA-Seq的应用

原理：基于分子杂交技术，主要是依靠印刷有荧光标记探针的基因芯片来实现。 比如说基因组芯片，它高密度的集成了分辨率高达几bp~100bp的探针，通过与样品杂交荧光显色的办法来刻画转录组的信息。

直接对cDNA进行测序。下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）又名高通量测序（High-Throughput Sequencing），是相对于传统的桑格测序（Sanger Sequencing）而言的。

RNA-Seq即对转录组进行测序和分析。一般来说在研究所会委托公司测序得到数据自己进行后续的生信分析（质控，mapping，差异基因表达分析，SNV分析等）。RNA-Seq有着巨大的应用前景。

参考资料