1968年3月，海军某部来大丰县征招3名女兵，马杰幸运地被选中。马杰到部队后，开始分配在海军医院榆林基地四二五医院工作。调剂室值班人员少，她主动提出参加值班；制剂室配制工作忙，她又去协助工作。在军训中，她不怕苦，不怕累，爬山涉水，从不落后。在海军服役两年零五个月中，她曾任药房保管员、护理员、后勤宣传员等职。工作多次调动，她从不挑肥拣瘦，服从组织、服从领导，任劳任怨。她在当药库保管员时，开始业务生疏，困难重重，药品种类繁多，难认、难记。但她迎着困难上，起早带晚刻苦学习，虚心请教。在较短的时间内，她不仅熟悉了所有药物名称，而且能将药品、药器分门别类，整理得有条有理，取用方便。她一心急病人所急。为抢救病人，如果急需的医药、器材本部队没有，马杰便会立即设法向外单位借用，不管白天黑夜，风雨无阻。为此，她曾多次受到部队首长的表扬和同志们的称赞。有次，马杰上山采药，右腿被狗咬了一口，流血很多，当她回部队后听说战友急需输血时，便主动去输血两次。
1970年，空军在海、陆军挑选第四代女飞行员49名，马杰被光荣地录取了。她先后在空军○一七部队预科大队、空军二航校进行初级训练。飞行员的生活是紧张的、艰苦的，每天拂晓前后，她们就到野外去锻炼。白天集中学习理论，傍晚还得练双杠、旋梯，在跳台前练习动作。马杰的身体素质虽然很好，但从没有经历过这样大强度的训练，累得腰酸、背痛、腿肿，但她从不叫苦，反显得很快乐。1972年7月，组织上决定调马杰到哈尔滨空军一航校预科大队进行高级训练。1973年底，马杰参加了中央新闻记录片《飒爽英姿上蓝天》的拍摄工作，马杰矫健的姿态，犹如银燕在高空翱翔，给观众留下了深刻的印象。1974年底，马杰被分配在北京空军一大队工作。
1976年4月部队整编后，她任北京航空兵运输团一大队飞行员。同年7月，马杰驾机参加了唐山的抗震救灾运输工作，出色地完成了任务。1976年夏，保定地区两派斗争十分激烈，情况复杂。为了促进该地区的安定团结，中央直接向北京航空兵运输团下达了撒传单的任务，宣传“要安定团结，不要搞派性”等党的方针政策。飞行任务艰巨，要钻山沟。由于山间风流大、不稳定，随时都有撞山的危险。因而部队挑选了8位技术较好的同志，出动4架飞机，马杰和另外一名女飞行员也被选上了。她和战友共同努力，胜利完成了任务，受到北京军区领导的接见和表扬。
1977年秋，马杰代表大队参加团里的岗位练兵，她画的座舱图受到全团的一致好评。1978年五一节，她与本部队志同道合的飞行员华菊明结婚了。次年，马杰生了一女孩。为了飞行事业，马杰不得不将生下来才30天的孩子断了奶，并送给家住常州农村的婆母带。
1980年3月13日，马杰的左腿不慎扭伤了，而且肿得厉害。第二天下午有飞行任务，她爱人劝她向领导请假，改日再飞。但她仍坚持飞行。14日下午，马杰像往常一样，怀着满腔革命激情，带着完成任务的信心，驾着银鹰向碧空呼啸而上。马杰的爱人华菊明和她同在一个团。马杰驾驶的这驾飞机正好是华菊明上午驾驶的，然而，在这次飞行中却发生了意外的事故。
