根据《中国善本书目》的记载，目前国内有9家图书馆收藏有《古今图书集成》。其中完整收藏武英殿雍正铜活字体本的5家图书馆是：国家图书馆、中国科学院图书馆、甘肃省图书馆和徐州市图书馆和湘潭大学图书馆。两家收藏不完整的图书馆是：故宫博物院图书馆和辽宁省图书馆。西南交通大学图书馆馆藏有光绪皇帝钦赐其校的第三版全套《古今图书集成》，全书5044册，共10088卷。值得一提的是，湘潭大学先保存有雍正铜活字版《钦定古今图书集成》522函6117册，是国内少见的珍本。另据悉，前苏联的列宁图书馆存有一套《古今图书集成》，但至少缺了一半。国外收藏的其他情况不详，应该是不会多了。《古今图书集成》问世47年后，乾隆皇帝下诏编纂《四库全书》，向各地官员、藏书家征集图书。规定凡向朝廷进书500种以上者，奖给《古今图书集成》一部。同时，乾隆下令全国建7个藏书阁，专门准备日后存放《四库全书》，被称为“四库七阁”。四库七阁建成后，《四库全书》纂修尚未完成，阁中一时无书可贮，乾隆又下令各阁“仿四库书函之式”，先存放《古今图书集成》一部。奖励进书者和存书七阁这两项措施，也许是《古今图书集成》流出宫外、流向社会的开始。四库七阁的官方背景，使它们的起落沉浮有案可查，我们今天总算能知道七阁所藏的7部《古今图书集成》的结局。
先看北方四阁：承德避暑山庄文津阁一部，1914年随全部图书运至北京，1915年移交京师图书馆，今藏北京图书馆（已改名为国家图书馆）。北京圆明园文源阁一部，1860年在英法联军火烧圆明园时被全部焚毁。北京紫禁城文渊阁一部，1925年成立故宫博物院后，由其图书馆保管，1933年随故宫文物南迁。国民党败退台湾时将其中部分运走，现藏台北故宫博物院，剩余部分今藏北京故宫博物院。沈阳故宫文溯阁一部，现存甘肃省图书馆。
再看江南三阁：镇江文宗阁一部，1842年鸦片战争中先遭英军破坏，1853年在太平军破城后被全部焚毁。扬州文汇阁一部，1854年在太平军破城后被全部焚毁。杭州文澜阁一部，1861年在太平军二次破城后被全部焚毁。
