中国金融监管框架的主要缺陷表现在：
（一）以机构监管为主
所谓机构监管，是指金融监管部门直接把相关金融机构列为监管对象所形成的监管框架。机构监管的长处在于，监管部门通过对相关金融机构业务活动的限制（或审批）能够比较直接顺畅地要求金融机构的各项经营行为符合监管部门的意图和政策要求，因此，对贯彻行政要求比较便捷。
但机构监管很容易画地为牢，由此，引致一系列问题发生：
其一，限制金融机构的经营活动范围。在机构监管的条件下，所属金融机构的业务范围基本由对应金融监管部门的职权来界定。例如， 各家商业银行的业务限定在
中国银监会的监管职能范围内，各家证券公司的业务范围限定在中国证监会的监管职能范围内，如此等等。这决定了，各家金融机构的分业经营实际上是由分业监管的行政机制划定的。
其二，金融机构难以根据市场发展的要求展开综合经营。 在经营范围主要由监管部门职能界定的条件下，每家金融机构基本上只能按照监管部门批准的经营内容展开市场活动，一旦跨业经营就将处于违法或非法境地，不仅要及时纠正，而且要接受对应的处罚。因此，它们通常只能在已划定的经营业务范围内展开市场活动，很难综合运用各种金融机制服务于实体企业的城乡居民。
其三，难以有效监管各类金融活动。由于金融机构的业务范围并不覆盖全部的金融活动，相当多不列入金融机构范畴的实体企业也在从事金融活动（在互联网金融条件下尤其如此）。 由此，既使得金融监管难以覆盖全部金融活动，也使得从事相同（或基本相同）业务的金融机构与非金融机构在
金融市场竞争中处于不平等地位。
（二）金融监管部门之间相互掣肘
与实体经济部门相比，各类金融机制、金融产品、金融业务之间存在着很强的替代性和互补性，几乎每一项金融活动都受到其他相关金融机制的制约，但分业监管通过行政机制将这种金融机制和金融产品之间的相互依存相互制约转变成金融监管部门之间的行政关系，由此，引致了一系列不协调情形的发生：
其一，同一市场被分割为若干监管部门各自权限的市场。 例如，公司债券本是一个统一的市场，《
公司法》中也对此作了规定。但在中国，它形成了“五龙治水”的格局，即发改委负责企业债发行的审批，
中国人民银行负责企业的短期融资券、
中期票据的审批，中国银监会负责商业银行等金融机构的各类债券审批，中国证监会负责证券公司、上市公司等的债券审批，
中国保监会负责保险公司债券的审批。债券交易市场也分割为银行间债券市场和交易所债券市场。
其二，各监管部门分别寻找各种理由为自己所辖的金融机构拓展业务空间，这加剧了各监管部门间的行政性摩擦和掣肘。 例如，证券投资基金的性质界定，在
发达国家中为信托型和公司型两种，但在中国，由于信托归口由中国
银监会监管，证券投资基金归口由中国
证监会监管，为了监管审批的方便，选择了将“信托型”改为“契约型”，这意味着证券投资基金运作可以不受《
信托法》制约和信托监管