历史：
这问题比较复杂，厦门理工和福建工程都是新建本科高校（21世纪初建设改名的大学）
可以说起点是差不多的，不过福建工程基础会好些，毕竟前身是福建高工和建专在福建还算不错的学校。厦门理工前身是鹭大职业夜校在厦门也小有名气，一个为福建一个为厦门都提供了大量的人才。这两所学校经过二十年的发展可以说都焕然一新，传言最近这几年都要改名大学。不过福建工程好像捷足先登，申报的福建理工大学已经通过了省教育部的审批离挂牌只剩一步之遥；厦门理工计划在十四五中改名大学也可以说近在咫尺，可以说这两所学校发展的都是相当迅速，厦门理工凭借地缘优势快速崛起，福建工程凭借自身实力稳步前进。
本科：
近几年国家推专业建设，除顶级985，211学校，基本都是不以学校为单位推荐，开始转型专业建设。而且这两所学校都是应用型本科和研究型大学基本无关，以下以专业为主分析。
福建工程学院：
旧学科建设（已定）：
拥有3个国家级特色专业:电气工程及其自动化、土木工程、工程造价。
国家品牌专业2个：土木工程 电气工程及其自动化 。
省级重点学科5个：土木工程，材料科学与工程，机械工程，交通运输，工程管理科学与工 程。
新学科建设（进行）：
高原学科2个：材料科学与工程，交通运输工程。
（重点关注）国家级一流本科专业建设点（共10个）：
2019建设4个专业：机械设计制造及其自动化，电气工程及其自动化，土木工程，工程管理
2020建设6个专业：车辆工程、材料科学与工程、通信工程、计算机科学与技术、给排水科 学与工程、城乡规划
省级一流本科专业建设点：
2019建设12个专业：材料成型及控制工程，车辆工程，材料科学与工程，通信工程，计算 机科学与技术，软件工程，建筑环境与能源应用工程，给排水科学与工程，城市地下空间 工程，建筑学，城乡规划，工程造价
2020建设7个专业：知识产权、工业设计、交通运输、环境工程、风景园林、工商管理、环 境设计
厦门理工学院：
旧学科建设（已定）：
拥有1个国家级特色专业:车辆工程。
国家品牌专业1个:车辆工程。
省级重点学科5个：机械工程、材料科学与工程、电气工程、光学工程、计算机科学与技 术。
新学科建设（进行）：
高原学科1个：机械工程。
（重点关注）国家级一流本科专业建设点（共6个）：
2019建设1个专业：车辆工程
2020建设5个专业：网络与新媒体、机械设计制造及其自动化、材料科学与工程、光电信息 科学与工程、计算机科学与技术
省级一流本科专业建设点：
2019建设12个专业：机械设计制造及其自动化、材料成型及控制工程、汽车服务工程、电 气工程及其自动化、电子信息工程、光电信息科学与工程、自动化、计算机科学与技术、软 件工程、土木工程、建筑学、物流管理
2020建设3个专业：3电子封装技术、环境工程、国际商务
硕士：
福建工程学院（8个）：
学术型硕士招生：
设计学（130500专业简介），土木工程（081400专业简介），材料科学与工程（080500专业简介），交通运输工程（082300专业简介）
专业学位硕士招生：
电子信息（0854专业简介），工程管理（125601专业简介），能源动力（0858专业简介），机械（0855专业简介）
厦门理工学院（3个一级+艺术部分）：
学术型硕士招生：
机械工程（080200），管理科学与工程（120100）
专业学位硕士招生：
电子信息类（085400），艺术（电影领域135104，广播电视领域135105，艺术设计领域135108）