宝天曼国家级自然保护区属森林生态系统类型自然保护区，是北亚热带和暖温带地区天然阔叶林保存最为完整的地段，森林类型多，植被属暖温带落叶林向北亚热带常绿阔叶林过渡的典型代表。保护对象是过渡带森林生态系统和珍稀野生动植物。
植物资源
宝天曼国家级自然保护区海拔1200米以下，以栓皮栎林为主；海拔1100-1300米以短柄枹林为主；海拔1300-1600米以锐齿槲栎林为主；海拔1600-1750米为由华山松、锐齿槲栎组成的针阔叶混交林；海拔1700米以上有锐齿槲栎、坚桦组成的山顶矮曲林；在局部地段上还分布有山杨林、白桦林、红桦林、化香林、花楸林和槭类林。阔叶林在保护区内分布甚广，尤其是落叶阔叶树种，是森林植被的主要成分，广泛地分布于保护区各地的山坡或河谷处。针叶林主要是大面积的人工马尾松林、杉木林、油松林，以及小面积的华山松林、人工水杉林、日本落叶松和一些自然分布的油松林、华山松林、铁杉林等。灌丛常见的有胡枝子灌丛、黄花儿柳灌丛等。大片的萱草草甸分布在坪坊、宝天曼林区海拔1400-1700米的溪谷边或山坡上。芦苇沼泽在坪坊、七里沟等林区的河滩或溪谷处有小片分布。
保护区森林覆盖率达97.3%，汇集和保存了大量比较完整的天然原始次生植物和生物群落。区内共有植物2911种及变种，隶属256科、1054属，占河南植物总数的73%，其中有国家重点保护野生植物28种；大果青杄、银鹊树在河南省其他地区尚无分布，是河南省珍稀植物最集中、最丰富的地区之一。野生果树110余种、野生花卉436种、野菜类植物173种、药用植物1055种，是河南省乃至中国动植物基因库。
动物资源
保护区有陆生野生动物201种，隶属64科，其中兽类18科、48种，爬行动物8科、26种，两栖动物4科、11种，鸟类34科、116种，其中国家重点保护动物48种，其中属国家一类重点保护的鸟类4种，兽类1种，二类保护的鸟类有32种，兽类11种。金雕、金钱豹、大鲵、红腹锦鸡。香獐等30余种动物已列入国家重点保护动物。此处还有昆虫3000余种，有蝶类162种，蜻蜓58种，蜘蛛108种，许多种是珍稀特有种。被誉为“天然物种宝库”、“中州绿色明珠”。
宝天曼国家级自然保护区是河南山地森林鸟类的重要栖息地。珍贵、濒危鸟类有黑鹳、金雕等国家I级保护动物；鸳鸯、苍鹰、赤腹鹰、雀鹰、红隼、红腹锦鸡、雕鴞、领鸺鹠、纵纹腹小鴞、灰林鴞、长尾林鴞、长耳鴞、短耳鴞等国家II级保护动物。其他常见或易见的鸟类还有池鹭、白鹭、绿翅鸭、绿头鸭、雉鸡、白腰草鹬、扇尾沙锥、岩鸽、山斑鸠、珠颈斑鸠、四声杜鹃、普通翠鸟、蓝翡翠、黑枕绿啄木鸟、凤头百灵、金腰燕、白鹡鸰、绿鹦嘴鹎、白头鹎、黑枕黄鹂、红尾伯劳、北红尾鸲、黑脸噪鹛、画眉、红头长尾山雀、大山雀、麻雀、燕雀、金翅、灰椋鸟、松鸦、喜鹊、灰喜鹊、红嘴蓝鹊、寒鸦、大嘴乌鸦、三道眉草鹀、黄喉鹀等。
