不会有案底。
“案底”，通常指的是无犯罪记录，是国家专门机关对犯罪人员的客观记载，包括人民法院作出的管制、拘役、有期徒刑、无期徒刑、死刑、罚金、剥夺政治权利、没收财产等刑事处罚的终审生效判决，以及行为人的行为已构成犯罪，但由检察机关作出不起诉决定或者人民法院作出免予刑事处罚的生效判决。
而检察院不起诉的类型分为法定不起诉（绝对不起诉）、相对不起诉和存疑不起诉（证据不足不起诉）。
一、法定不起诉
根据《刑事诉讼法》第16条规定：法定不起诉主要有以下几种情形：
（1）情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
（2）犯罪已过时效期限的；
（3）经特赦令免除刑罚的；
（4）依照告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤回告诉的；
（5）犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
（6）其他法律规定免予追究刑事责任的。
上述几种情形有的是不构成犯罪，有的是虽然构罪但是依法不应追究刑责的。
01 对于不构成犯罪的：当然不存在犯罪记录的问题，自然就不会存在案底。
02 对于依法不应追究刑责的：由于其前提是构成犯罪，只是因为法律规定的特殊原因才不予追究，小明个人认为其犯罪确凿无疑，这种也应当有犯罪记录，是有案底的。
二、存疑不起诉
存疑不起诉是检察院对于经过补充侦查的案件，仍然认为证据不足，不符合起诉条件的，作出的不起诉决定证据不足的。
由此可见，存疑不起诉中，嫌疑人是否犯罪是不确定的，从疑罪从无的角度来说，他是不构成犯罪的。因此，对于存疑不起诉的，他是没有犯罪记录，不存在案底的。
三、相对不起诉
可相对不起诉，是指检察院对侦查机关侦查终结移送审查起诉的案件，经过审查后，认为犯罪嫌疑人的犯罪行为情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚时，可以依法作出不起诉的决定。
根据刑事诉讼法规定，适用相对不起诉应当同时具备两个条件：犯罪情节轻微和依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚。而我国刑法第37条规定：“对于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以免予刑事处罚。”据此，相对不起诉可以分为以下三种类型：
1、犯罪情节轻微，具有刑法总则规定免除处罚情节。如，刑法第20条第2款规定，正当防卫明显超过必要限度造成重大损害的，应当负刑事责任，但是应当减轻或者免除处罚;刑法第21条第2款规定，紧急避险超过必要限度造成不应有损害的，应当负刑事责任，但是应当减轻或者免除处罚;刑法第22条第2款规定，对于预备犯，可以比照既遂犯从轻、减轻处罚或者免除处罚;刑法第24条第2款规定，对于中止犯，没有造成损害的，应当免除处罚;刑法第27条第2款规定，对于从犯，应当从轻、减轻处罚或者免除处罚;刑法第28条规定，对于被胁迫参加犯罪的，应当按照他的犯罪情节减轻处罚或者免除处罚;刑法第67条第1款规定，对于自首的犯罪分子，犯罪较轻的，可以免除处罚;刑法第68条规定，有重大立功表现的，可以减轻或者免除处罚。
2、犯罪情节轻微，具有刑法分则或司法解释规定免除处罚的情节。如，刑法第383条第3款规定对犯贪污罪的，在提起公诉前如实供述自己罪行、真诚悔罪、积极退赃，避免、减少损害结果的发生，有第1项规定情形的，可以从轻、减轻或者免除处罚;刑法第390条规定，行贿人在被追诉前主动交代行贿行为，可以从轻或者减轻处罚。其中，犯罪较轻的，对侦破重大案件起关键作用的，或者有重大立功表现的，可以减轻或者免除处罚;“两高”《关于办理寻衅滋事刑事案件适用法律若干问题的解释》第8条规定，行为人认罪、悔罪，积极赔偿被害人损失或者取得被害人谅解的，可以从轻处罚;犯罪情节轻微的，可以不起诉或者免予刑事处罚。
3、虽然没有法定免除处罚情节，但检察机关综合案件事实情节和犯罪嫌疑人表现，认为犯罪情节轻微，不需要判处刑罚的，检察机关经过对案件事实审查，根据犯罪手段、危害后果、犯罪动机等，认为犯罪嫌疑人主观恶性较小、社会危害和社会危险性不大，属于犯罪情节轻微不需要判处刑罚的，可以作出不起诉决定。
由此可知，相对不起诉中，之所以不起诉，是因为情节轻微，但是其也是构成犯罪的。因此，从这一层面讲他是有犯罪记录的，也就是有案底的。
综上：被检察院决定不起诉决定的当事人是否会有案底要视具体情况而定：
1、如果犯罪嫌疑人是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉的，则不会有案底。
2、如果犯罪嫌疑人不是因没有违法犯罪事实而被决定不起诉，而且因犯罪情节轻微或具有《刑事诉讼法》第十六条规定的情形中属于虽然构罪但是依法不应追究刑责的而被不起诉的，仍会有本应的案底记载。
【法律依据】
《刑事诉讼法》：
第十六条 有下列情形之一的，不追究刑事责任，已经追究的，应当撤销案件，或者不起诉，或者终止审理，或者宣告无罪：
(一)情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的；
(二)犯罪已过追诉时效期限的；
(三)经特赦令免除刑罚的；
(四)依照刑法告诉才处理的犯罪，没有告诉或者撤告诉的；
(五)犯罪嫌疑人、被告人死亡的；
(六)其他法律规定免予追究刑事责任的。
第一百七十七条犯罪嫌疑人没有犯罪事实，或者有本法第十六条规定的情形之一的，人民检察院应当作出不起诉决定。
对于犯罪情节轻微，依照刑法规定不需要判处刑罚或者免除刑罚的，人民检察院可以作出不起诉决定。
《刑法》第三百八十三条【贪污罪的处罚规定】对犯贪污罪的，根据情节轻重，分别依照下列规定处罚：
（一）贪污数额较大或者有其他较重情节的，处三年以下有期徒刑或者拘役，并处罚金。
（二）贪污数额巨大或者有其他严重情节的，处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金或者没收财产。
（三）贪污数额特别巨大或者有其他特别严重情节的，处十年以上有期徒刑或者无期徒刑，并处罚金或者没收财产；数额特别巨大，并使国家和人民利益遭受特别重大损失的，处无期徒刑或者死刑，并处没收财产。
对多次贪污未经处理的，按照累计贪污数额处罚。
犯第一款罪，在提起公诉前如实供述自己罪行、真诚悔罪、积极退赃，避免、减少损害结果的发生，有第一项规定情形的，可以从轻、减轻或者免除处罚；有第二项、第三项规定情形的，可以从轻处罚。
犯第一款罪，有第三项规定情形被判处死刑缓期执行的，人民法院根据犯罪情节等情况可以同时决定在其死刑缓期执行二年期满依法减为无期徒刑后，终身监禁，不得减刑、假释。
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