学妹你好，总体说来，吉林大学的材料化学专业是很好的。
我是吉林大学化学学院09级化学专业的学生。（比你大一届）
吉大化学已经废系建院了。所以，没有“系”这个说法了，只有学院和专业。
吉林大学化学学院共有5个专业，分别是：化学、材料化学、高分子材料与工程、化学工程与工艺、应用化学。共9个班。
其中化学与材料化学又叫做“大化”，偏理科；高分子材料与工程、化学工程与工艺、应用化学又叫做“小化”，偏工科。上课的时候是大化的5个班一起上课，小化的4个班一起上课。
由于吉大化学是靠无机化学和量子化学打下来的招牌（吉大化院是中国近代理论化学的鼻祖），所以实际上，吉大的无机、量化是很强的（国内前5名，甚至更靠前），这方向的老师也比较多，4位中科院的院士不是研究无机的就是量子化学的。而有机化学的水平相对较低，但也不差！化工方面的就很不行了（国内排名40之内未上榜），也没有化工专业的牛人。吉大化院的教授也几乎全是理科化学的，几乎没有工科化学的。但是以上排名与研究生阶段有关，本科4年学的都是基础课，不具体分研究方向。
说一下你问的第一个问题，本科阶段，最好的专业是“化学”，广泛学习纯化学的相关的基础理论知识，为以后分专业（无机、分析、有机等）打下良好基础，类似于“基地班”，是化学院重点建设、培养的。其次是材料化学，学院也比较重视。
大化配备的是吉大化院最好的师资，小化的师资力量不如大化。因为，大化的专业是学校的强项，学校比较重视。
在课程上，大化学的基础化学理论课比小化讲得深，花的时间也长（大化是2年学完无机和分析，小化是1年半学完无机和分析）。但是小化会学更多化工相关的课程。
之前，只有化学专业可以参加“基地班”，自09级起，材料化学专业也纳入了《国家基础科学人才培养基金》，从此“化学”专业与“材料化学”专业的界限就更模糊了。
所以，在本科阶段，这个系（专业）的概念就是，在大一和大二时，约等于化学专业，没有区别，大三开始专业课的区别如下：
化学专业比材料化学专业多学的专业课：生物化学，化学综合实验，高分子科学导论，金属有机化学，配位化学，光谱分析。
材料化学专业比化学专业多学的专业课：材料化学综合实验，无机合成化学，分子筛化学，超分子化学，生物材料。在化学学院，会比小化的3个专业享有更多的教学资源（客观来说，学校确实对化学和材料化学偏心）
刚才说的就是第三个问题了。
再说一下第二个问题。这个其实是研究生阶段才有意义的问题。吉大化学院的二级学科重点学科分别是：无机化学、高分子化学与物理、物理化学。分别有3个国家重点实验室：无机合成与制备化学国家重点实验室、超分子结构与材料国家重点实验室、理论化学计算国家重点实验室（国内第一的）。有机化学和分析化学相对较差。化工就排不上名次了，不过这都是在硕士研究生时才具体分开的，本科中相差不大。本科阶段没有“有机化学系”，因为所有人都要学有机的基础知识。研究生阶段，吉大比较好的是无机、材料、高分子、超分子、理论化学计算、量子化学等。
最后一个问题，材料化学是属于无机的。吉大合成的材料都是无机材料（主要就是分子筛或一些纳米材料）。其实“无机合成与制备化学国家重点实验室”的前身就是“无机水热合成教育部重点实验室”。研究生阶段，无机和材料合并为一个系：“无机与材料化学系”。主要就是水热合成一些功能性材料，如分子筛、纳米材料、新型微孔晶体及微孔晶体单晶什么的。
嗯，上述内容写的比较多，写写改改的，用了1小时多。是我自己的总结，自己打出的字。偶尔也看看学院的网站，使说的更准确些。可能有些繁多。
学院主页：
http://chem.jlu.edu.cn，可以看到更多的信息～
我是团委学生会的，会参加接新生活动，希望8月末迎新时，能够看到你～