兖州的这个“兖”字，来源于兖水。兖水又称济水，发源于今河南省济源县的王屋山中。济水分黄河南和黄河北两部分，后来由于水系变化，黄河以南现在已经没有济水了。兖水的兖字古代写作“沇”。在小篆里，“三点水”有时候可以写成“横水”而放在“允”字的上边，后来由篆书向隶书演化时，“横水”就变成了“六”，于是成为今天的“兖”字。段玉裁《说文解字注》：“兖州……小篆作沇，隶变作兖，此同义而古今异形也。”
兖州这个地名所涵盖的内容，在漫长的历史中曾有过十分复杂的演变。它最终属于了今天这块土地，是和历代行政区划的变革及治所的迁徙分不开的。
《尚书·禹贡》：“济河唯兖州”。是说兖州的位置在济水和黄河之间，是今河南省的东部、山东省的西部及河北省的南部一带地方。《禹贡》又说：“海岱及淮唯徐州”，海是指黄海，岱是指泰山，淮指淮河，很显然，在上古时候，今兖州地方并不属兖州，而是属于徐州。明代于慎行的《兖州府志》的《沿革志叙》里说：“禹贡之界在济河。而今日之境略及海岱，故其东南郡邑属徐州之域者十之八九……盖宅徐之方而受兖之名也。”上古时候有所谓星野的说法，就是把天上的星区和地下的州国一一对应起来。有以二十八宿与州国相配的，也有以十二次与州国相配的。按《淮南子·天文训》和《史记·天官书》等古籍的记载，兖州在二十八宿中属角、氐、亢三星，对应郑国；徐州则属奎、娄、胃三星，属于鲁国。郑国在今河南境内，鲁国即今曲阜，和兖州仅相距15公里。星野的说法充满了神秘色彩，我们姑不论其是否有根据，但由此可以证明，今兖州在上古时是属于徐州的。
隋文帝杨坚统一中国后，取消了州的建制而改称郡，兖州为鲁郡，治瑕丘，统任城、邹等十县。后来徐圆朗据瑕丘叛，唐初平定后，又重设兖州，仍治瑕丘，统十县，并在这里设大都督府，是管领兖、泰、沂三州的军事重镇。安史之乱后，逐渐形成了藩镇割据的局面，兖州是泰宁军节度使的驻地，从此直至五代，这里一直是兵家必争的战略要地。后周时候泰宁节度史慕容彦超据兖州叛乱，太祖郭威亲率大军征讨，久攻才破，郭威一怒之下把兖州降为一般的防御州。从此兖州地位大不如前，宋代兖州称袭庆府，属山东东路，治瑕县，辖奉符（今泰安）、泗水等十县；金代属山东西路，治嵫阳，辖曲阜、宁阳等四县；元代属济宁路，治嵫阳，辖四县。到明代，因兖州成为明太祖朱元璋第十子朱檀的封国，行政地位因之上升，成为辖有济宁、东平等四州二十三县的府，属山东承宣布政使司。清代基本沿袭明制，兖州府辖一州十三县（乾隆时）。民国实行道县制，兖州府被撤除。
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