三个同仁堂的区别就是归属不同。
北京同仁堂集团是北京市政府独资企业，主营业务包括现代制药业、零售商业和医疗服务，整个集团拥有六个二级集团，三家上市公司现在在A股和港股两地上市的同仁堂就是北京同仁堂集团旗下的一家子公司。
同仁堂集团另一家上市公司—同仁堂科技，公司主要从事医药技术开发、技术咨询、研究生物制剂等。南京同仁堂成立于1926年，原来是北京同仁堂在南京的分公司。不过在1955年公私合营时期，南京同仁堂从同仁堂集团分拆，北京同仁堂归北京市政府，南京同仁堂归南京市政府。
同仁堂品牌文化
同仁堂文化质量观形成的原因大致有两个，一个是同仁堂人的自律意识。历代同仁堂人恪守诚实敬业的药德，提出修合无人见，存心有天知的信条，制药过程严格依照配方，选用地道的药材，从不偷工减料，以次充好。另一个是同仁堂的外在压力，这外在的压力是皇权的压力，因为是为皇宫内廷制药，故来不得半点马虎，稍有不慎就有可能导致杀身之祸。
历代同仁堂人坚持配方独特、选料上乘、工艺严格、疗效显著四大制药特色，生产出了众多疗效显著的中成药。1989年，国家工商局将全国第一个中国驰名商标称号授予了同仁堂，使同仁堂成为迄今为止在全国中医药行业取得中国驰名商标称号的企业。同仁堂不仅有十大王牌，而且形成了以十大名药为代表的产品系列，从而赢得了国内外人士的广泛赞誉。
以上内容参考：百度百科—同仁堂
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