很多农民朋友反映承包合同的面积、四界划分与实际占有情况存在不一致现象。土地确权面积与二轮承包面积不符主要由以下原因造成：
1.二轮土地承包虽有三十年不变政策，但是许多村组根据二轮承包推行的“大稳定、小调整”的原则和群众意愿，在承包期内对承包地进行了多次小调整，而承包合同并没有进行及时变更;
2.有部分二轮土地承包时，因耕地土质、地力、远近等因素，采取将地力等级较差耕地，按一定折扣比例折算后分配，造成实际面积多于合同面积
3.有部分地区由于自然灾害、水利兴修、农田整治等因素造成田地面积、四界变化，导致承包合同与实际情况不相符。
土地确权面积与二轮承包面积不符，证书上如何登记?
实测土地面积与承包合同及原来的经营权证书记载有出入的，如何登记?《关于开展农村土地承包经营权登记试点工作的意见》(农经发【2011】2号)文件规定，对实测面积，经公示后据实登记。也就是说，对于实测承包面积不同于合同和证书面积的承包地，都应依据本次土地确权查实结果登记。对与现有土地承包档案记载的土地承包状况有较大误差且农民群众要求实测的，要以第二次全国土地调查成果为基础，采取科学简便的方式测量查实。查清承包地块面积和空间位置，首要的是群众认可，并尽可能准确。实测结果经乡(镇)、村公示确认后，作为确认、变更、解除土地承包合同以及确认、变更、注销土地承包经营权的依据。
土地确权后，农业补贴是按确权后的面积发放还是按土地承包合同上的面积发放?
依据《关于开展农村土地承包经营权登记试点工作的意见》(农经发【2011】2号)文件规定：“ 实测面积不与按延包面积确定的农业补贴基数挂钩，不与农民承担费用、劳务标准挂钩，严禁借机增加农民负担。”也就是说，农民享受的农业补贴不与确权实测面积挂钩。
虽然(农经发【2011】2号)文件规定确权面积不与农业补贴挂钩，但土地确权后，为农民发放的新版土地承包经营权证书是农户具有确权地块及面积的土地承包经营权的有效证明。农户具有获得承包地块的相应补贴的权利，所以，不久后农户的农业补贴可能将以确权面积为依据。
对于土地确权面积和二轮承包面积误差很大的，要采取科学简便的方式重新测量，再根据新的确权面积进行发放。