磷对植物体内磷脂、磷蛋白、核蛋白、ATP、植酸钙镁等一系列主要组分的形成有重要作用，直接参与植物正常的生理代谢。磷肥对农产品质量的正效应也主要表现在提高蛋白质、必需氨基酸和多种维生素的含量，在禾谷类作物和豆科牧草上尤为明显；对油菜表现为提高含油量；糖用甜菜和甘蔗表现为提高含糖量；对甘薯和马铃薯表现为提高淀粉含量；对棉花表现为提高衣分和棉纤维长度。
对果树有利于果实膨大，提高含糖量，改善风味，并能提高果实中的植酸钙镁和维生素含量，对增加营养品质和商品品质都有好处。
磷肥过量，尤其是后期供磷过多会降低禾谷类作物子粒淀粉含量和千粒重；有些报道认为磷肥过量还可能使农产品的含锌量降低，使其营养品质下降。常用的磷肥中含有一定量的镉，长期大量施用磷肥，可能导致土壤中镉的积累，继而使农产品的含镉量超过食品卫生标准，使其卫生质量降低。