朝廷虽然腐败无能，对外国势力的入侵掠夺自顾不暇，视而不见，但是爱国的民族英雄却不能容忍殖民主义对国土的任意掠夺。从1646年起，台湾就不断传出郑成功要攻打台湾的消息，荷兰殖民者闻讯惶惶不可终日。1661年4月21日，郑成功率2.5万大军乘坐400余艘舰船，从金门岛的料罗湾出发，直取澎湖，22日占领澎湖，人不解甲，兵不歇刃，29日直指台湾。30日黎明通过鹿耳门进入大员湾，势如破竹直逼赤嵌城。郑成功5月1日命令荷兰长官揆一投降。在兵临城下，水断粮绝的困境中，荷兰殖民主义者于5月4日签署了投降书。台湾宣告光复。郑成功光复台湾之后，将热兰遮堡改名为安平镇，将赤嵌地方(今台南市)改名为东都明京。在台湾设立一府两县，设立南路安抚司。北路安抚司和澎湖安抚司，规划基层社区组织，基层设里。将明朝的规章典籍、行政区划制度运用于台湾。
郑成功特别重视文教事业，将一大批反清复明的文人学士延揽重用。郑成功的参军陈永华是个饱学之士，在文教建设上起了重要作用。他建议设孔庙，建立各级学校，起用科举取仕制度。于是，一套自上而下的较为完整的文化教育体制便创立起来，中华文化很快复盖全岛。经济上组织军人拓荒屯垦，对外开展贸易，郑氏政权很快将台湾理得井井有条。文学方面，以沈光文为代表的一批大陆来的文人，积极投入创作，使台湾由无文人到有文人，由无文学到有文学，开启了台湾文学的发展里程。郑成功实现了他的“开国立家”，建立“万世不拔基业”之目的。