清朝知县与知府的区别最主要是两个方面：一是品级，二是辖区。
知县为正七品，京县（如大兴、宛平等）知县略高，为正六品。除此之外，圣人故里曲阜的知县也是正六品，而且基本上都是由孔家人出任。知府为从四品，但顺天府、奉天府除外，顺天府、奉天府的主官称尹，为正三品。
知县的辖区为一个县，清朝的县基本上和现在的县级市、县差不多，除了部分县的名称、地域范围略有差别，基本与现在一致。知府的辖区为府，府通常下辖数县不等。但是，清朝的府与现在的地级市是有一些差别的，更加类似于早年的专区、地区。府本身并没有直管地域，连府衙也建立在下属县的地域之内。以扬州府为例，扬州府的府衙便建立在下辖江都县的地域之内。换句话说，现在的扬州的三个市辖区（广陵区、邗江区、江都区），除了小部分归属已经撤销的甘泉县，大部分都归属江都县。而现在的地级市除了下辖县和代管县级市之外，一般都有自己的市辖区，而清朝的府是没有的。
清朝的知县、知府是县、府的主官，但是其职权范围却远大于现在的县委书记、县长和市委书记、市长。以知县为例，其不仅要管理县域内的行政事务，还要管理民政事务、财政事务、司法事务、统战事务等等，差不多就是现在县四套班子和两院的事务都由知县总揽了。当然，知县、知府毕竟只是一个人，不可能事必躬亲，县、府的具体事务是由属官和吏来办的，但决定、拍板必须经过知县、知府。不过，有一个领域始终都不归知县、知府管，那就是科举考试，县试、府试，包括更高级别的乡试都统一由各省提督学政及派驻学官管辖，知县、知府无权插手。
众所周知，现在有所谓中管干部、省管干部、市管干部之说。简单说就是：省部级干部为中管干部，归中组部统一管理。地方厅局级干部为省管干部，归省委组织部统一管理，以此类推。但是，清朝不同，清朝所有在编官员全部归吏部统一管理。换句话说，知府不能任命下辖县的知县，也无权免去知县的职务，其他同理。如果知县与知府发生矛盾，只能由吏部出面协调，或者全部调离、或者将一方调离，又或者全部免职。但是，只有吏部有此权限，即便是位列封疆的总督、巡抚也没有人士任免权，只有建议权，即向吏部、甚至皇帝本人举荐或者参劾下属官员。当然，部分带有特殊使命的钦差和获得皇帝授权的官员除外。此外，吏和幕宾不属于这个范畴，这些人的任免权是归知县、知府的。
