16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大。
rDNA 和rRNA中的小写字母"r"是ribosome(核糖体)的缩写。
rDNA指的是基因组中编码核糖体RNA（rRNA）分子的对应的DNA序列，也就是编码16S rRNA的基因。
rRNA指的是rDNA的转录产物，它是构成核糖体的重要成分，核糖体由许多小的rRNA分子组装而成，16S rRNA是其中一个组件.
一般所分析的对象都是16s rDNA，因为DNA提取容易，也比较稳定。
原核细胞的核糖体较小, 沉降系数为70S,由50S和30S两个亚基组成; 而真核细胞的核糖体体积较大, 沉降系数是80S, 由60S和40S两个亚基组成。在完整的核糖体中，rRNA约占2/3, 蛋白质约为1/3。50S大亚基含有34种不同的蛋白质和两种RNA分子，相对分子质量大的rRNA的沉降系数为23S，相对分子质量小的rRNA为5S。30S小亚基含有21种蛋白质和一个16S的rRNA分子。
参考资料：http://zhidao.baidu.com/question/53112864.html