第1集：云霄飞车杀人事件
黑衣组织 主线情节：新一和小兰在游乐园碰到了杀人事件，迅速解决此案后，新一发现了行踪诡秘的伏特加（Vodka），跟踪继而发现了Vodka在进行黑吃黑的非法交易。然而过于集中注意力的新一没有发现如幽灵般出现在身后的琴酒（Gin），被一棍打翻后灌下了APTX4869，继而变小，柯南的历程也因此展开。
第48～49集：外交官杀人事件
主线情节：来到毛利侦探事务所的关西名侦探服部平次给感冒的柯南喝白酒，之后遇到了一位来寻找小五郎的外交官妻子，结果到外交官家里后却发现外交官死亡。当服部平次自以为破获这起谋杀案时，柯南变回工藤新一突然出现并指出平次推理的错误，圆满解决了案件。最后因为解药药效消失而再次变小。
第54集：电玩公司杀人事件
主线情节：在电玩公司里柯南偶遇了组织成员龙舌兰（Tequila），并从他嘴里第一次听到了Gin和Vodka的名字，没想到倒霉的Tequila却误提了别人的手提箱，被手提箱中的炸弹炸死做了大冤鬼。
第128集：黑衣组织10亿元抢劫事件
主线情节：关于TV较之漫画所出现的BUG问题，我这里不详细讲。此集中宫野明美（黑衣组织成员）假扮银行职员，参与策划了一起银行10亿元的绑架案，随后几天内共犯陆续被神秘地杀人灭口。柯南查到了明美的蛛丝马迹，在她家搜寻证据时被明美击昏，清醒后尾随明美而去至一仓库，却发现明美已倒在血泊之中，而幕后的凶手，居然就是黑衣组织！！
第129集：来自黑暗组织的女子 大学教授杀人事件
主线情节：柯南他们班里新转来一位名叫灰原哀的女学生。不料当晚她竟然告诉柯南，她是黑衣组织的成员。原来灰原是组织里开发APTX4869的主要负责人，原名宫野志保，组织代号“Sherry”。而上一集中被GIN击毙的宫野明美，居然就是灰原的亲姐姐。因为姐姐的死，使得灰原以停止药品研究作为抵抗手段来报复组织，结果被组织锁在毒气室准备将其处决。抱着必死之心的灰原吞下了事先藏好的APTX4869企图自戕，不料竟也和柯南一样身体变小，并从毒气室里逃了出来。最后为阿笠博士所收养。
第170－171集：黑暗中的死角
故事本身没有主线情节出现。然而这集却是为今后的主线情节打下了一个相当经典的伏笔。这个伏笔一直到了345集才被解开。让人不得不佩服青山的魔鬼思维。初次登场的新出医生以其秀气的容貌和善良的心地博得了很多柯南迷的好感，然而殊不知这一集却是新出医生在361集前最后一次出场……)
第176－178集：与黑衣组织的再会
主线情节：柯南和灰原在放学回家的路上，竟然发现了Gin的保时捷车，于是对其进行跟踪，却因Gin发现了车上装的跟踪器而不得不放弃。但是柯南依然打听到了黑暗组织准备在杯户饭店由组织代号为Pisco的成员进行暗杀活动。救人心切的柯南赶到杯户饭店，却无法阻止凶杀事件的发生。更为糟糕的是，Gin已将Sherry在跟踪自己的事通知了Pisco，并告诉他Sherry必然也会去杯户饭店。老奸巨猾的Pisco在暗杀得手后偶尔见到灰原，竟认出了她就是Sherry，于是乘她和柯南走散之际将之用麻药迷昏后藏在饭店的一个酒窖里，自己却被警察留下和其他嫌疑人一起接受盘问。柯南在和灰原取得联系后，让她试着喝下白干酒。于是灰原也如同柯南预料的一般变回了成人体形，并因此得以从壁炉的烟囱逃至饭店顶楼。不料Gin和Vodka早已在顶楼守株待兔了。在Gin的拷问下灰原拒不说出离开组织后的行动，身中数枪。这时柯南赶到，用麻醉枪击中了Gin，同时灰原用尽了全身力气再次由烟囱逃回酒窖，此时白干效力已过，灰原身体再次缩小。既而Pisco终于露出他的真实面目，在他准备处决灰原时，柯南再次赶到上演英雄救美，而Pisco则因为暗杀过程中出现了不可挽回的失误被Gin灭口。
第226至227集：战斗游戏的陷阱
故事中的案件依然和主线情节八辈子打不着一杆。然而这集却是青山一个最大骗局上演的开始。本集中又一个举足轻重的人物，小兰的英文老师Juddie登场。乍看之下她只是一个身材火辣，性情开朗并且毫无心机的洋妞，然而故事里她却会时常若有所思的盯着进行推理的柯南，故事结尾更是引起了柯南迷滔天的疑惑和猜测：告别柯南的时候，突然意味深长的对柯南说了句：Bye bye, cool kid.然后在公寓里的通电话中我们更是发现原来此人身份绝不简单，她似乎正在负责监视着某人，而此人正在上学中（大多数的柯南迷都一口咬定这个某人便是柯南），同时她给被监视的人取了一个代号叫“腐烂的苹果”……
第230－231集：迷一样的乘客
主线情节：侦探团在乘公交车去滑雪的途中邂逅了新出老师和Juddie老师。此时公车上突然上来了两名劫匪。原来他们要拿乘客当人质来交换被警方关押的老大。同时灰原猛然感觉到车上有组织里的人，并且此人带给她的压迫感竟然如此之大以至她无法克制地浑身颤抖起来。柯南成功地揭穿了劫匪的阴谋，并且连同Juddie老师一起制服了劫匪。
第253－254集 本厅刑事恋爱物语4
本身案件无意义，不表。有两个值得注意的地方是，一是小兰在饭店里看到赤井秀一居然有似曾相识的感觉，二是柯南和新出合力扮演了高木警官，一个出身材和动作，一个出配音。有人认为有可能就是从这集开始，柯南对新出的身份产生了怀疑。因为他注意到了新出超强的模仿能力。
（本集值得注意的是柯南是利用新出来达到冒充高木的目的的，但新出（Vermouth）帮助他圆了谎，这表明了Vermouth这时候已经知道了柯南=新一的秘密，原因可能是身为有希子好友，她很可能见过新一小时候的照片，因此发现了这个秘密，当然，他仍然谁也没告诉。另外从这一集开始新出出场的次数开始频繁，暗示他是与主线相关的人物）
第258－259集 来自芝加哥的男人
又是比较精彩的一集。又是一个神秘人物James Black登场。而灰原也不知为何表现出对赤井有着极度的恐惧。故事最后表明James和赤井是同事关系，James问赤井为什么把长发给剪去，赤井笑答，被恋人甩了。James又问，那么叫我出来是不是想和恋人重归于好呢？赤井眼中寒光一闪说：“把我甩掉……要让她后悔，用血泪！”这里我们再次得知赤井有一“恋人”，于是关于这个恋人是谁再次掀起大讨论，Juddie、Vermouth、灰原、明美，每个人都有一定的理由。另外这里望月想和已经通晓主线剧情的柯南迷讨论一个有关James的问题。从后面的故事我们可以得知James是赤井和Juddie在FBI的上司。然而James的FBI身份很让人值得怀疑。为什么呢？因为在345集里Juddie曾经问过Vermouth,柯南这个小鬼虽然人很聪明，但是毕竟还是个小鬼，应该是cool kid（Juddie自己一直那么称呼柯南的）然而她发现Vermouth在柯南的照片下角写了个"cool guy"，为什么要叫一个小鬼"guy"呢？那是因为Vermouth知道柯南的实际年龄已经是个guy了，所以才那么叫他的。那么，问题来了，在259集里，柯南制服了绑架James的劫匪之后，James一脸阴沉地自言自语道：我不得不承认，你干得真漂亮！Cool guy!!他居然也叫柯南"guy"，那么说他也知道柯南的实际年龄了？另外青山通过柯南给我们留下了一个信息就是JAMES和福尔摩斯的终极对手莫里亚蒂教授是同名的.再想想Vermouth在345集中对FBI的暗号行动了如指掌，不得不让人怀疑James的真实身份啊……
第269－270集 犯罪的纪念品
案件本身无关紧要，与主线有关就是暮目提到与毛利小五郎相关的案卷被偷，后又被送回来，暗示有人在调查他们，弄得柯南相当紧张。偷案卷的是Vermouth，主要目的是了解与新出相关的那个案件（可惜仍然遗漏了细节），将相关案卷都偷走就是为了误导FBI她的目标和小五郎有关，在故事的最后有赤井监视毛利侦探所的画面，表明了FBI果然将注意力转向毛利，同时我们也进一步被青山误导。
第271－272集 急忙掩饰的忽略
案件不表。故事里小兰因为Juddie留下的一个关于X对于女性意味什么的作业而头痛不已，而Juddie在案件结束后又是再抖劲料：It is almost time to pick the apple!预示马上就会有一个大行动了。故事结尾Vermouth坐在电脑前给Gin写E-mail的时候提到了X。她说X表示kiss，只有女性可用，同时它又是仇恨的标志，再者它又可以表示目标。说着Vermouth手一扬，一只飞镖脱手而出飞向飞镖盘上的一张Sherry的照片，照片上的Sherry被画上了一个巨大的X，飞镖正中X的正中！照片下方是柯南和小兰的照片。由此我们知道了Vermouth留在日本的目的就是找到Sherry,而柯南和小兰似乎也被她关注着。并且我们发现，Vermouth好像对Sherry有着一种特殊的仇恨，不知道是不是因为Gin的关系。而我们继续被青山误导，跌进了Juddie=Vermouth的无底深渊。
第277－278集 英语教师vs.西部名侦探
主线情节：柯南将毛利被人调查的事告诉了博士，两人经过分析发现当时杯户饭店中（与黑衣组织的再会）除了Pisco，还有一个组织中的人。而这个人很有可能就是美国大明星Chris Vineyard。柯南托博士去调查一下Chris的网站，看看能否找到有用的信息。同时服部平次也出现在博士的家中，原来他是受博士所托过来协助柯南的。两人决定去调查一下身份十分可疑的Juddie老师。来到Juddie家里后，又碰上了发生在邻居家的凶杀事件。在调查真相的过程中，服部平次和Juddie又在暗中互相较劲，然而最后平次和柯南无法取得关于Juddie真实身份的决定性线索，而Juddie用微型照相机悄悄拍下的服部的胶卷，也不知何时被服部取走了。英语教师和西部名侦探的对决可说是不分胜负。
第279－280集 迷宫的阴暗
主线情节只被带到了一点。博士应柯南的要求去Chris的网站上查过信息。发现她就是美国已故大明星莎隆.宾亚德的女儿。在母亲的葬礼上，面对记者的追问，Chris曾神秘的回答道：A secret makes a woman woman!另外，有希子也出现在了莎隆的葬礼中，但是她的帽檐压的很低，所以美国的网站上显示当时并没有人认出有希子的身份，只是谣传说日本的前人气女明星也出席了葬礼。
第286－288集 工藤新一NY事件
主线情节：小兰在餐厅用餐时晕倒，继而回想起了几年前和新一一起去纽约的经历：有希子带着新一和小兰去百老汇看经典歌剧“不和的金苹果”。小兰也因此而见到了心中的偶像莎隆宾亚德。原来有希子和莎隆曾师出同门，两人同时拜在一位魔术大师的门下学习易容术。而小兰发现莎隆似乎对上帝十分不屑，自称“天使从来没有向我微笑过”。然后又是老方一贴的发生了与主线无关的杀人事件。解决事件后，新一和小兰在回旅馆的途中撞上了近来在纽约疯狂作案的日籍银发杀人魔。杀人魔在欲将两人灭口的时候不慎失足从楼上摔了下去。却被新一和小兰合力拉了上来。新一更是对杀人魔说出了让小兰芳心大动的名句：人杀人的理由我是不知道，但是人救人是不需要理由的！杀人魔也因此放过了两人。第二天消息传来，杀人魔自杀身亡。而莎隆也给有希子打了电话，声称“看来我也有自己的天使”。
第314-315集 残留下来的无声证据
主线情节：3名委托人造访毛利侦探事务所。说是寻找失踪了的有名的软件工程师板仓。3人分别是各自游戏公司的职员，委托板仓开发不同的软件。小五郎从发送给3人的图象来到旅馆的房间。但是与委托人一起进入房间的时候，板仓却已死亡。案件调查中柯南发现板仓竟然和黑衣组织成员龙舌兰（TV54 电玩公司杀人事件）有过接触，同时他还发现板仓有张用来写这几年的日记的软盘。柯南认定软盘中有有关组织的信息，于是火速解决了案件，拿到了软盘准备去博士家一探究竟。谁知他和小兰在回家的路上，竟撞上了好像突然从地底冒出来的赤井秀一。
第309－311集 与黑衣组织的接触
主线情节：在和莫测高深的赤井正面接触了之后，柯南匆匆赶到了博士家，说明来意后两人用电脑打开板仓的日记软盘。日记比较详细地记录了板仓和黑衣组织接触的经过，原来黑衣组织一直在威胁板仓为其制作一款神秘的系统软件。同时柯南发现双方交货日期以至便决定瞒天过海以板仓的身份去和组织进行碰头，随即他便和博士驱车来到板仓一座匿于深山老林中的别墅，此时恰逢Vodka打来电话，为避免黑衣组织得知板仓以死的消息，柯南当机立断用变声器伪装板仓声音将交易时间提前，双方约定4小时后在东京进行交易。在赶回东京的途中，柯南作为热身收拾了两个珠宝大盗，之后拜托博士留下处理两人，自己独闯龙潭。结果柯南留在假系统软件上的跟踪器再次被Gin识破，幸而自己及时躲进了储藏柜逃过了Gin和Vodka的追击。
第329集－330集 金钱买不到的友情
本集中提到了灰原的父亲：宫野厚司。原来他是化学领域非常有名的科学家，被称为“被科学界放逐的疯狂科学家”，待人和气有礼，并且是阿笠博士的旧识。
第335－336集 东都显影所的秘密
主线情节：有希子回到日本，接侦探团去东都显影所看电影。在路上有希子和柯南发现他们正在被人跟踪，柯南认为跟踪者不是冲着他就是冲着灰原来的，并且很有可能就是黑衣组织的人。
第338－339集 4辆保时捷
主线情节：故事中的事件与主线无关。但在这集中，我们的灰原的身份终于暴露了！故事的结尾，整集故事都没有露面过的Vermouth冷笑着用打火机烧掉了Sherry(灰原）的照片，并得意地自言自语道：“找到了……你准备好了吗？我来找你了！”
第340－341集 隐藏在厕所里的秘密
主线情节：柯南、灰原和博士去了灰原的父亲宫野博士生前工作过的事物所，想从那里得到一些黑衣组织的资料以及灰原父母的行踪。结果他们在厕所中找到了宫野明美放在那里的灰原妈妈留给灰原的磁带。
第343－344集 便利店的阴谋
主线情节：Juddie老师突然间辞去了帝丹高中英文教师的工作，说是想回美国了。在告别派对上，小兰无意间在Juddie的卫生间的镜子后面发现了大量自己与柯南的照片，不禁疑云顿生。
第345集 与黑衣组织直面对决－－满月之夜的双重迷案
主线情节：笼罩在柯南和灰原身边的黑暗之光终于开始发出了最终的闪耀。小五郎和柯南同时收到了Vermouth发来的邀请，邀请他们去参加一个满月之夜的化妆派对。重要的是，寄给柯南的邀请状信封上写着“工藤新一收”，而请函上的称呼却是“江户川柯南”！看来柯南就是新一这个秘密也被组织发现了......
评价：1 不言而喻，如果你不看这集柯南的话，那其实就等于你没有看过柯南。本集是柯南近400集的动画中最大的一个高潮，主线情节跌宕起伏峰回路转，绝对堪称经典。
2 但是幽灵船上的那个案件实在是比较无聊，既和主线情节没什么关系推理的逻辑性又差，不能不说是一个败笔。
3 故事到结尾还是没有分出一个胜负，FBI和柯南没有抓住组织的人，Vermouth也向柯南承诺放弃追杀Sherry,于是青山的赚钱机器得以继续开动下去。
第346—347集 寻找P股上的印记
主线情节:Juddie对小哀提出对她进行证人保护制度，而小哀也想答应，但是在这两集的案件中，布美勇敢而且不怕逃避丁精神感动了小哀，小哀在第二天放学时来到了病床上的Juddie面前，拒绝后Juddie也说果然和她想到一样，在小哀离开后，James对着Juddie说小哀很像以前的Juddie。
第361—362集 帝丹高中学校怪谈
主线情节：消失了很长时间的新出老师再次回到了帝丹高中，在事件后新出老师感到Vermouth善良的一面，于是打电话询问Juddie，而juddie也很愤怒的说那只是Vermouth为了更好地扮演新出老师而表现出来的。
第371—372集 沉默的航线
主线情节：这集中犯人的一个电话给了柯南提示，他开始找寻BOSS的地址，开头的四位是0858
第385—386集 斯特拉第瓦里欧斯不协调的和音
主线情节：柯南根据vermouth的按键音发现了BOSS的地址和按键音，这集的犯人在最后告诉了柯南那首歌的名字是：七个孩子。
第425集 黑色的冲击！黑色组织魔爪伸来的瞬间
主线情节：小五郎在与播音员水无怜奈的对话中得知她被恶作剧的门铃所困扰一事，便与柯南及兰一同前往怜奈的家。
小五郎等人虽然抓到了犯人,但此时，柯南却从安装的窃听器中觉察到怜奈（代号Kir）实际是黑色组织同党一事。
随后，黑色组织制定了于下午1点在edayP暗杀一个代号为DJ的人的计划。密切关注着怜奈的FBI探员朱蒂决定联手柯南，为了阻止暗杀计划，就要知道ADP和DJ的意思是什么……
看点：组织三个新的人物出场，FBI再次出动。
491—504红与黑的碰撞
此系列共有14集，从08年初开始以每周一集的速度，播放了半年，由于时间过长，要是FBI与黑组织的对决，人们一度以为这是柯南的收官之战，但最后并没有结束，水无怜奈成为卧底，但赤井秀一这枚连黑组织老大都畏惧的银色子弹的死（是不是真的死了还不确定）似乎又让这场对决各分秋色。
参考资料：http://baike.baidu.com/view/1064982.htm