南京大学是一所偏综合类的大学，而中国科技大学是一所偏理工类的大学，两所学校都是历史悠久的重点大学，都有各自的优势学科，在公众心目中的专业评价和录取难度不相上下（如下图），建议结合具体的专业来进行比较。
（1）中国科学技术大学
是中国科学院直属的一所以前沿科学和高新技术为主、兼有特色管理和人文学科的理工类全国重点大学，是国家首批“211工程”、“985工程”重点建设院校，入选“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越工程师教育培养计划”、“中国科学院知识创新工程”、“国家海外高层次人才创新创业基地”，是九校联盟（C9）、中国大学校长联谊会、东亚研究型大学协会、环太平洋大学联盟成员，为中管副部级高校，由中国科学院、教育部、安徽省人民政府共同建设 。
中国科大1958年创办于北京，1970年迁至安徽省合肥市，首任校长由郭沫若兼任。该校有中国“科技英才的摇篮”之称，在国内外均享有较高声誉，俄罗斯总理梅德韦杰夫曾称赞其为“世界一流大学”。
（2）南京大学
简称南大，是一所源远流长的高等学府。追溯学脉古为源自孙吴永安元年的南京太学，近代校史肇始于1902年筹办的三江师范学堂，历经多次变迁，1949年“国立中央大学”易名“国立南京大学”，翌年径称“南京大学”，沿用至今。
南京大学是教育部与江苏省共建的全国重点大学，国家首批“211工程”、“985工程”高校，首批“珠峰计划”、“111计划”、“2011计划”、“卓越计划”实施高校，也是九校联盟、世界大学联盟、环太平洋大学联盟、21世纪学术联盟的重要成员和东亚研究型大学协会高校。
南京大学是哈佛大学白碧德主义影响下的中国“学衡派”的雅集地，被誉为“中国科学社的大本营和科学发展的主要基地”，被杨振宁称赞为“中国最顶尖的大学”。南京大学是“985工程”首批九所高水平大学中唯一未合并其他院校的高校，坚持“内涵发展”，保持“原汁原味”办学优势与特色，赢得社会“中国最温和的大学”美誉。