1、从法律意义而言，它们最主要的一个区别在于是否具有行政主体的地位。国务院直属机构有着独立的行政主体资格。国务院直属事业单位不是国家行政机关,但中华人民共和国国务院授权其中一些单位行使一定的行政职能。
2、职能上的区别，直属机构是政府直接领导下主办专门业务的机构，地位仅低于政府内的各部、委。直属机构具有独立职权和专门职责，可以在主管事项的范围内，对外发布命令和指示。
事业单位，是指由政府利用国有资产设立的，从事教育、科技、文化、卫生等活动的社会服务组织。事业单位接受政府领导，是表现形式为组织或机构的法人实体。
3、行政单位使用行政编制、由国家行政经费负担。事业单位使用事业编制，由国家事业经费负担。
扩展资料:
2018年3月22日 《国务院关于机构设置的通知》规定。
国务院直属事业单位：
新华通讯社、中国社会科学院、国务院发展研究中心中国气象局、中国证券监督管理委员会、中国科学院、中国工程院、中央广播电视总台、中国银行保险监督管理委员会、国家行政学院与中央党校是一个机构两块牌子，作为党中央直属事业单位。
国务院直属机构：
中华人民共和国海关总署、国家市场监督管理总局、国家体育总局、国家国际发展合作署、国务院参事室、国家税务总局、国家广播电视总局、国家统计局、国家医疗保障局、国家机关事务管理局。
国家市场监督管理总局对外保留国家认证认可监督管理委员会、国家标准化管理委员会牌子。国家新闻出版署（国家版权局）在中央宣传部加挂牌子，由中央宣传部承担相关职责。国家宗教事务局在中央统战部加挂牌子，由中央统战部承担相关职责。
参考资料来源一：百度百科--国务院
国务院直属事业单位和直属机构都是国务院的组织机构，两者是平级关系。其区别主要有：
1、名称不同
（1）国务院直属机构中，除中华人民共和国海关总署、国务院参事室外，其他机构名称大都是“国家ⅩⅩ（总）局”，对外交往中可在名称前加“中华人民共和国”或“中国”。这些机构名称中冠“国家”，也是为了与地方政府相应机构进行区分。譬如，此次机构改革拟组建的国家医疗保障局。
（2）国务院直属事业单位，根据职能情况不同，就目前设置看，名称有“局”、“委员会”、“社”、“院”、“中心”等，大多数冠“中国”，也有冠“国务院”、“国家”等。
2、职能不同
国务院直属事业单位，不同单位间职能不同，如中国气象局主要承担全国气象工作的政府行政管理职能，负责全国气象工作的组织管理。
国务院直属机构，主管国务院的某项专门业务，具有独立的行政管理职能。
3、数目不同
在2018年3月22日 《国务院关于机构设置的通知》规定部门设置中：国务院直属机构有10个，国务院直属事业单位有9个。
扩展资料：
1、国务院机构分为办公厅、组成部门、直属特设机构、直属机构、办事机构、直属事业单位、部委管理的国家局、议事协调机构。
2、国务院直属机构和国务院各部位属于平行单位。国家旅游局属于国务院直属机构，局长的行政级别是副部级。而国家文物局是国务院下边的一个国家局，由文化部来管理，也属于副部级别。
3、国务院的机构名称，一般由三部分组成，即区域或层级关系、矢名、格级名，分别规定了机构的管理服务范围层级、隶属关系、工作内容以及级别规格等。
以此次改革拟组建的中华人民共和国自然资源部为例，“中华人民共和国”是它的区域名，表明它的管理范围和隶属关系；“自然资源”是它的矢名，表明工作内容；“部”是它的格级名，表明了它的级别规格。
参考资料：中国新闻网_国务院机构里的“部委办局”都有啥区别？
本回答被网友采纳一个是事业编制 一个是行政编制
事业编制不是公务员~~等于长期的小工~
当然国务院直属的事业单位权利要大的多~但跟国务院直属机构比 就小菜了~本回答被提问者采纳