《国家税务总局关于发布〈房地产开发企业销售自行开发的房地产项目增值税征收管理暂行办法〉的公告》(国家税务总局公告2016年18号)第四条规定，房地产开发企业中的一般纳税人销售自行开发的房地产项目，适用一般计税方法计税,按照取得的全部价款和价外费用，扣除当期销售房地产项目对应的土地价款后的余额计算销售额。销售额的计算公式如下：销售额=(全部价款和价外费用-当期允许扣除的土地价款)÷(1+11%)。
销项税额=(全部价款和价外费用-当期允许扣除的土地价款)÷(1+11%)×11%。
也就是说，在一般计税办法下，增值税的销售额与土地增值税的清算收入并不相同，即增值税中土地价款对应抵减的销项税额，在
土地增值税清算时,应重新调整计入土地增值税清算收入，并缴纳土地增值税.如上例，甲公司含增值税销售额为800万元,销项税额为88万元,土地增值税清算收入为：1110万元-88万元=1022万元。对于适用增值税简易计税办法的，因不涉及扣减土地价款，其转让房地产的土地增值税应税收入不含增值税
应纳税额,增值税的销售额与土地增值税清算收入一致.对于预缴税款,由于预缴时尚无法确定清算项目对应扣除的土地价款,故对预缴税款采取从简计算的方式。
房地产开发企业采取预收款方式销售自行开发的房地产项目的,可按照以下方法确定土地增值税预征计征依据：土地增值税预征的计征依据=预收款-应预缴增值税税款。例如,房地产企业一般纳税人销售房产取得预收款1110万元，不含税收入为：1110万元÷(1+11%)=1000万元,应预缴增值税税款为：1000万元×3%=30万元。按照上述公式,预缴土地增值税的计税依据为:1110万元-30万元=1080万元。