明朝太宗皇帝指的是明成祖朱棣，是明朝第三位皇帝。明太祖朱元璋第四子，建文帝朱允炆之叔父。建文四年（1402年）即位，在位二十二年（1402-1424年），年号“永乐”。
明朝洪武三十一年(1398年)，在朱元璋去世后，朱允炆继位为帝。
按道理来说，建文帝朱允炆作为明朝第二位皇帝，其庙号应该为明太宗。但是，朱允炆不仅败给了朱棣，还在靖难之役后下落不明，所以时驸马都尉梅殷在军中，从黄彦清之议，为发丧，追谥孝愍皇帝，庙号神宗。至南明弘光元年(1645年)七月，以与显皇帝庙号复，改庙号惠宗。因为在和朱棣的较量中失败，建文帝朱允炆没能获得太宗的庙号。而就明成祖朱棣来说，其去世后则被追封为明太宗。
永乐二十二年(1424年)8月，朱棣死于第五次北征回师途中的榆木川(今内蒙古乌珠穆沁)，庙号太宗，葬于长陵。在嘉靖皇帝之前，明太宗指的就是朱棣这位皇帝。对于朱棣来说，其在位时明朝经济繁荣、国力强盛，文治武功都有了很大提升。因此，明太宗朱棣，完全可以和唐太宗李世民等皇帝相提并论。但是，嘉靖皇帝登基称帝后，朱棣的庙号由宗升为祖，也即由太宗改为了成祖。
那么，问题来了，嘉靖皇帝为什么要将朱棣的庙号由太宗改为成祖呢?究其原因，和嘉靖皇帝存在直接的关系。众所周知，嘉靖是明武宗朱厚照的堂弟，因为明武宗朱厚照没有儿子，才通过兄终弟及的方式，选择嘉靖来继承皇位。比如在明朝末期，天启和崇祯之间也是兄终弟及。
基于此，就嘉靖皇帝来说，自己的亲生父亲兴献王并没有当过皇帝，因此也不可能入太庙。对于性格倔强的嘉靖皇帝，自然是非常不满意。更让嘉靖气氛的是，杨廷和等大臣还让嘉靖认明武宗朱厚照的父亲为父亲。因为这件事情，嘉靖和杨廷和等大臣较量了数年，这也就是明朝历史上著名“大议礼之争”。通过“大议礼”，嘉靖不仅可以追封自己的亲生父亲为皇帝，还得以掌握大权。
在此基础上，嘉靖觉得仅仅是封自己的亲生父亲为皇帝还不够，应该将其放在明朝的太庙中。但是，嘉靖在位时，明朝太庙中的九个名额已经满了，如果要加人进去，就得将之前的皇帝给请出来。对此，嘉靖胆子再大，也不敢如此僭越。于是，他想到了将朱棣的庙号改为成祖。
最后，对于朱棣来说，庙号由太宗改为成祖之后，就可以和明朝开国皇帝朱元璋同为“万世不祧”之君，在明朝太庙正中供奉。古代帝王的宗庙分为家庙和远祖庙，远祖庙称祧，家庙中的祖先，除始祖外，凡辈分远的要依次迁入祧庙中合祭。所以，永不迁移的叫做"不祧"。由此，这意味着在明朝太庙中，明成祖朱棣得以和明太祖朱元璋并称为始祖。这样，被祧的就是除了太祖成祖之外的亲缘关系最远的皇帝，于是就该轮到仁宗朱高炽了。
于是，嘉靖的亲生父亲兴献王成了睿宗，于嘉靖二十九年入太庙，而明仁宗则被祧出来放进了后殿。综上，正是因为嘉靖皇帝的苦心积虑，导致朱棣的庙号由明太宗变成了明成祖，毕竟明成祖听起来要比明太宗更加威风，况且，朱棣不仅是通过造反来夺取皇位的，在他登基称帝后，还将明朝都城进行了迁移。从这一点来看，朱棣的庙号变成了成祖，也还是可以说得过去的。