在诊断炎症肠病性关节炎时，辅助检查起着关键作用。首先，血液检查显示贫血，白细胞在急性期上升，血沉、C-反应蛋白和球蛋白水平升高，类风湿因子和抗核抗体阴性。在溃疡性结肠炎患者中，约半数以上会出现抗中性粒细胞胞浆抗体（ANCA），其中核周型ANCA较为常见。强直性脊柱炎患者HLA-B27阳性的比例为50%～70%，而溃疡性结肠炎并发脊柱炎时，HLA-Bw62频率显著增高。
滑液检查显示细胞数增多，以中性粒细胞为主，细菌培养为阴性。放射学检查中，关节软组织肿胀，骨质疏松，偶有骨侵蚀，骶髂关节炎表现类似强直性脊柱炎。钡餐检查可见炎症肠病患者的肠道异常，如黏膜粗糙、肠管短缩等。CT和MRI可以提供高分辨率影像，帮助早期发现骶髂关节病变，尤其是MRI对于软组织病变的识别更优。
结肠镜检查显示炎症肠病性关节炎患者肠道病变主要在直肠，表现为血管纹理异常、肠粘膜病变、溃疡和糜烂。小肠镜则有助于早期病理诊断。诊断时，需明确与类风湿关节炎、银屑病关节炎和强直性脊柱炎等疾病进行鉴别。类风湿关节炎主要影响小关节，银屑病关节炎涉及特定关节并伴随皮肤病变，而强直性脊柱炎主要累及骶髂关节和脊柱，HLA-B27阳性率较高。
鉴别诊断时还需排除其他可能的疾病，如缺血性结肠炎、肠结核等，尤其是克罗恩病与肠结核的区分，克罗恩病的特征性表现为肛周受累和肠瘘，而肠结核有肠外结核史和特定的内镜及组织病理学表现。PCR检测和抗结核治疗试验可作为辅助手段。总之，炎症肠病性关节炎的诊断需要综合多方面检查和临床表现进行。
炎症肠病性关节炎(Inflammatory Bowel Disease Arthritis, IBDA)是指溃疡性结肠炎(ulcerative colitis，UC)和克罗恩病（Crohn disease，CD）引起关节炎的统称。主要表现为外周关节炎和中轴关节病变，不明原因的肠道非感染性炎症，并可伴发关节外或肠道外其他全身症状如皮肤粘膜病变及炎症性眼病等表现。