在职事业编不可以注册公司。依据公司登记相关法律法规，公务员、事业单位工作人员不可以注册公司，也不能担任公司法定代表人。注册公司在工商行政管理机关办理。设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记，公司登记机关是工商行政管理机关，下级公司登记机关在上级公司登记机关的领导下开展公司登记工作。公司登记机关依法履行职责，不受非法干预。
法律依据：
《中华人民共和国公司法》
第六条
设立公司，应当依法向公司登记机关申请设立登记。符合本法规定的设立条件的，由公司登记机关分别登记为有限责任公司或者股份有限公司；不符合本法规定的设立条件的，不得登记为有限责任公司或者股份有限公司。
法律、行政法规规定设立公司必须报经批准的，应当在公司登记前依法办理批准手续。
公众可以向公司登记机关申请查询公司登记事项，公司登记机关应当提供查询服务。
《关于严禁党政机关事业单位及其工作人员违规经商办企业的通知》指出：
一、严禁全市各级党的机关、人大机关、行政机关、政协机关、审判机关、检察机关，以及工会、共青团、妇联等人民团体和事业单位，用公款(包括行政经费、党团费、老干部特需经费等)、贷款以及在职干部自筹资金，违规自办企业或与群众合办企业，不得在经济利益上与群众兴办的企业挂在一起。
二、严禁党政机关事业单位人员(包括退居二线的干部)违规经商办企业，包括干部本人或以他人名义独自经商办企业;与他人合资、合股经商办企业;自己以承包、租赁、受聘等方式经商办企业;从事中介活动谋取利益;从事或者参与营利性活动;在企业或者其他营利性组织中兼任职务。
三、严禁党政机关事业单位人员利用职权为配偶、子女及其配偶以及其他亲属经商办企业提供便利条件，或者干部之间利用职权相互为对方配偶、子女及其配偶以及其他亲属经商办企业提供便利条件。
四、严禁党政机关事业单位人员允许、纵容配偶、子女及其配偶，在本人管辖的地区和业务范围内个人从事可能与公共利益发生冲突的经商、办企业、社会中介服务等活动，在本人管辖的地区和业务范围内的外商独资企业或者中外合资企业担任由外方委派、聘任的高级职务。
五、严禁党政机关事业单位人员允许、纵容配偶、子女及其配偶在异地工商注册登记后，到本人管辖的地区和业务范围内从事可能与公共利益发生冲突的经商、办企业活动。
六、严禁党政机关事业单位人员利用职权为其亲属、亲友所办的企业谋取利益。
七、严禁离退休干部利用老战友、老部下的关系和曾经担负过领导职务的影响，为自己和他人以经商办企业为名，谋取非法利益。
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