三者最大的区别，是行政职务与工资的不同。
科员、副主任科员、主任科员属于综合管理类的非领导职务，主任科员属于正科级，不是正科职，属于非领导职务，所以职位略低于现任科长、乡镇长等实职的正科级领导。
副主任科员即为副科级，科员即为一般公务员。主任科员，一般要求副科职务三年以上，提升副主任科员，一般要求担任科员两年以上。
一个科里不是领导的成员，在公务员制度与参照管理的党的机关工作人员的职务与级别为十八级至二十六级。科员其实就是一般工作人员，非领导干部分为八种:巡视员、副巡视员、调研员、副调研员、主任科员、副主任科员、科员、办事员。