作用不同。
清关，是指进口货物、出口货物和转运货物进入一国海关关境或国境必须向海关申报，办理海关规定的各项手续，履行各项法规规定的义务；只有在履行各项义务，办理海关申报、查验、征税、放行等手续后，货物才能放行，货主或申报人才能提货。同样，载运进出口货物的各种运输工具进出境或转运，也均需向海关申报，办理海关手续，得到海关的许可。货物在结关期间，不论是进口、出口或转运，都是处在海关监管之下，不准自由流通。
海关查验是指海关在接受报关单位的申报并已经审核的申报单位为依据，通过对进出口货物进行实际的核查，以确定其报关单证申报的内容是否与实际进出口的货物相符的一种监管方式。
海关查验货物后，均要填写一份验货记录。验货记录一般包括查验时间、地点、进出口货物的收发货人或其代理人名称、申报的货物情况，查验货物的运输包装情况（如运输工具名称、集装箱号、尺码和封号）、货物的名称、规格型号等。需要查验的货物自接受申报起1日内开出查验通知单，自具备海关查验条件起1日内完成查验，除需缴税外，自查验完毕4小时内办结通关手续。
征税：根据《海关法》的有关规定，进出口的货物除国家另有规定外，均应征收关税。关税由海关依照海关进出口税则征收。需要征税费的货物，自接受申报1日内开出税单，并于缴核税单2小时内办结通关手续。
不管是代理报关公司还是外贸公司在报关过程中，最怕的就是碰到海关查验了。一般海关查验，不仅需要报关行陪同查验，还得准备大量资料，费时费力；同时，也打乱了既定的工作计划。所以，报关员都希望降低报关查验率，安安心心通关。一旦遇到查验，那可是相当麻烦的。
一、海关查验的几点注意
1、查验费
在查验过程中，报关行报关员需要派员陪同，会收取一定的查验服务费，这些费用是要纳入企业成本的。
2、超期仓储费
如果遇到海关查验，需要排队查验，一旦查验到有问题的货物，滞留在口岸，企业就会增加仓储费用。
3、时间计划
由于没有预算查验时间，导致船期或者交货日期延迟，这样一来就会增加各种额外负担，损害大量利益。
二、海关查验的几大因素
1、系统随机抽查，这个非人为控制，不作讨论；
2、重大活动或海关专项行动，这个只能自认倒霉。不过一般遇重大活动，企业都会预留查验时间，将风险降到最低；
3、加工贸易，一般加工贸易新厂第一本手册项下的进出口报关，会被重点布控查验；
4、价格申报，如果价格在同品牌、同型号等要素条件下进口时低于或出口时高于价格库，会触发人工审单乃至布控查验；
5、申报要素，有些报关员对申报要素的意义和填报要求并不了解，所以会错误地填报申报要素，就提高了查验布控的机率；
6、单据错误，偶尔会碰到委托单位提供的随附单据错误，一旦出错会增加查验率，所以得小心；
7、拆分申报，为了规避许可证的申领，采用拆单的方式化整为零申报。
8、企业资质，资质高和资质低的被查验的几率可是天差地别。
法律依据
《中华人民共和国海关法》
第八条 进出境运输工具、货物、物品，必须通过设立海关的地点进境或者出境。在特殊情况下，需要经过未设立海关的地点临时进境或者出境的，必须经国务院或者国务院授权的机关批准，并依照本法规定办理海关手续。
第九条 进出口货物，除另有规定的外，可以由进出口货物收发货人自行办理报关纳税手续，也可以由进出口货物收发货人委托报关企业办理报关纳税手续。
进出境物品的所有人可以自行办理报关纳税手续，也可以委托他人办理报关纳税手续。
第十条 报关企业接受进出口货物收发货人的委托，以委托人的名义办理报关手续的，应当向海关提交由委托人签署的授权委托书，遵守本法对委托人的各项规定。
报关企业接受进出口货物收发货人的委托，以自己的名义办理报关手续的，应当承担与收发货人相同的法律责任。
委托人委托报关企业办理报关手续的，应当向报关企业提供所委托报关事项的真实情况；报关企业接受委托人的委托办理报关手续的，应当对委托人所提供情况的真实性进行合理审查。
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