1、初审申报：参保单位或参保个人首次申请须在每季度最后一个月15日以前，凭《医保手册》）到初审医院医保科领取表格并完整填写《特殊病种门诊申请表》，同时备齐申报病种的相关病历资料（或复印件）、一张近期1寸免冠照片，选定一家定点医院和一家特殊病种门诊服务药店就医、购药。
异地安置人员特门申报由单位医保专干或本人到本市本级特门初审鉴定医院医保科办理相关手续。
2、医院初审：初审医院收齐申请人的相应资料后，组织本院医疗专家诊查并初步鉴定。
3、专家评审：市医疗保险处每季季末组织本市城镇职工基本医疗保险专家委员会进行集中评审，专家委员会根据特门确认标准进行逐个审定。
4、发放《特殊病种门诊专用病历》：经市专家委员会评审通过的，特门申请人在下个季度第一个5个工作日以后，携带《医保手册》到市医疗保险处领取《特殊病种门诊专用病历》评审通过者于当月开始享受基本医疗保险特殊病种门诊待遇。
5、特殊病种续办程序：特殊病种门诊A、B类有效期为两年，C类有效期为一年。病情未愈须继续治疗的，需要办理续办手续。
法律依据：《关于进一步做好贫困人口门诊慢性病医疗救助工作的通知》一、关于已认定为贫困人口慢性病患者的医疗救助
(一)对已经认定的符合57种(含学生、儿童门诊10种)慢性病的贫困人口患者，直接发放《延安市贫困人口慢性病门诊医疗救助证》，贫困人口患者在乡镇卫生院、社区卫生服务中心门诊就诊时持救助证和身份证，按照市医保局、卫健委印发的《关于进一步规范贫困人口慢性病门诊医疗救助工作有关问题的通知》(延医保发〔2020〕31号)规定，由各县(市、区)医保局向乡镇卫生院、社区卫生服务中心预拨周转金，实行直接报销，报销比例暂按50%执行，医保部门按季度核对，年底进行核算。
(二)《延安市贫困人口慢性病门诊医疗救助证》由各县(市、区)医保局以县(市、区)为单位编号，各乡镇卫生院、社区卫生服务中心在各县(市、区)医保局领取，负责向辖区内贫困人口慢性病患者发放，发放后将门诊慢性病救助证签领表复印报所属医保局备案。
(三)由医保部门按年度认定的贫困人口门诊慢特病患者，报销办法不变，继续执行基本医疗保险门诊慢性病报销政策，报销封顶线较非贫困人口提高20%，各县(市、区)医保经办机构每月将报销情况汇总上报所属医保局。
(四)贫困人口在其他定点医疗机构发生的门诊购药费用，继续按延医保发〔2020〕31号文件规定执行，由村医负责收集汇总，按照原门诊医疗救助渠道报乡镇，由乡镇医疗救助部门审核收集发票后，到各县(市、区)医保局进行结算报销。