自然人出租商铺，需要缴纳以下三种基本税费：
1、房产税。根据《中华人民共和国房产税暂行条例》（以下简称《条例》）第二条规定：房产税由产权所有人缴纳。
根据《条例》第四条规定：房产税的税率，依照房产余值计算缴纳的，税率为1.2%；依照房产租金收入计算缴纳的，税率为12%；根据《条例》第七条规定：房产税按年征收，分期缴纳。
2、个人所得税。根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）第二条规定：财产租赁所得，应缴纳个人所得税。
具体计算方法应依照《个人所得税法》第三条和第六条的具体规定：财产租赁所得每次收入不超过4000元的，减除费用800元；4000元以上的，减除20%的费用，其余额为应纳税所得额。税率为20%。
3、增值税。 2016年财政部和国家税务总局联合下发了《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（以下简称《通知》）。
根据《通知》附件1《营业税改征增值税试点实施办法》 和附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》的内容规定：不动产租赁服务的税率为11%；一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。
注：房屋租赁税是指根据中国财政部、国家税务总局财税200824号《关于廉租住房经济适用住房和住房租赁有关税收政策的通知》规定，对个人出租住房，不区分用途，在3%税率的基础上减半征收营业税，按4%的税率征收房产税。
扩展资料：
房屋租赁税所含税项的税率：
城市维护建设税税率为实际缴纳的营业税额的7%，但这个有地区之分，纳税人所在地是市区的，税率为7%；纳税人所在地在县城、建制镇的，税率为5%；纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为1%；教育费附加则为实际缴纳的营业税额的3%。
房产税则为租金收入总额的12%；印花税是租赁合同总金额的0.1%，但不足1元按1元贴花；城镇土地使用税按出租房屋占地面积乘以地段适用单位税额来计算，地方教育附加按实际缴纳营业税税额的2%来收。
个人所得税的应纳税额就是应纳税所得额的10%。但应纳税额则分两种情况，主要分割点在每次/月收入是否超过4000元。每次/月收入额不超过4000元（含4000元）的，应纳税所得额是每次/月收入额扣除住房出租过程中缴纳的税费。
向出租方支付的租金、由纳税人负担的出租住房实际开支的修缮费用、准予扣除的捐赠额，再减去800元。若每次/月收入额在4000元以上的，则应纳税所得额中减去的800就换成减去收入的20%。
参考资料：百度百科-房屋租赁税
1、房产税。根据《中华人民共和国房产税暂行条例》（以下简称《条例》）第二条规定：房产税由产权所有人缴纳。
根据《条例》第四条规定：房产税的税率，依照房产余值计算缴纳的，税率为1.2%；依照房产租金收入计算缴纳的，税率为12%；根据《条例》第七条规定：房产税按年征收，分期缴纳。
2、个人所得税。根据《中华人民共和国个人所得税法》（以下简称《个人所得税法》）第二条规定：财产租赁所得，应缴纳个人所得税。
具体计算方法应依照《个人所得税法》第三条和第六条的具体规定：财产租赁所得每次收入不超过4000元的，减除费用800元；4000元以上的，减除20%的费用，其余额为应纳税所得额。税率为20%。
3、增值税。 2016年财政部和国家税务总局联合下发了《关于全面推开营业税改征增值税试点的通知》（以下简称《通知》）。
根据《通知》附件1《营业税改征增值税试点实施办法》 和附件2《营业税改征增值税试点有关事项的规定》的内容规定：不动产租赁服务的税率为11%；一般纳税人出租其2016年4月30日前取得的不动产，可以选择适用简易计税方法，按照5%的征收率计算应纳税额。
4、城市维护建设费。根据《中华人民共和国城市维护建设税暂行条例》的内容规定：凡缴纳消费税、增值税、营业税的单位和个人，都是城市维护建设税的纳税义务人（以下简称纳税人），都应当依照本条例的规定缴纳城市维护建设税。
城市维护建设税税率如下：纳税人所在地在市区的，税率为7%；纳税人所在地在县城、镇的，税率为5%；纳税人所在地不在市区、县城或镇的，税率为1%。（注：此税率是以增值税为基础计算，翻译过来的意思就是分别为增值税的7%、5%和1%）。
5、其他税费。教育费附加，增值税额的3%；地方教育费附加，增值税额的2%；印花税0.1%；城镇土地使用税，对个人出租非住房以实际占用的土地面积及座落土地等级的单位税额征收。
扩展资料：
房屋租赁涉及的营业税及个人所得税、房产税、土地使用税，也可合并计算，如湖北将其归并为“房屋租赁税”进行征收。
针对个人出租住宅、非住宅，企业事业单位出租房屋等情况，又分不同综合税率。
个人出租住宅，月租金5000元以下的，税率为4%；5000元（含）-2万元的，为5%；2万元（含）以上的，为7.68%。如个人出租一套月租金3000元的住宅，每月的税负为120元。
个人出租非住宅，月租金5000元以下的，税率为6.1%；5000元（含）-2万元的，为8.1%；2万元（含）以上的，为15.7%。
对于企事业单位出租房屋，若租给个人用于居住的住房，按月租金收入的9.7%征收；出租非住房的，按13.7%征收。
参考资料来源：百度百科—房屋租赁税
本回答被网友采纳1、增值税税率5%：应交增值税=含税租金÷（1+5%）×5%
2、附加税（城建税7%、教育附加3%、地方附加2%）：应交增值税税额×12%
3、房产税税率12%：租金×12%本回答被提问者采纳