1.主要是管辖的范围不同。
农垦总局公安局是主管垦区公安工作的职能部门。
公安局是公安机关的组织形式，是主管公安工作的政府下设职能部门。受所在地政府、上级公安机关双重领导。
2.农垦公安局隶属于新疆建设兵团，是其下设的公安局，原来是部队的保卫部门，后部队集体转业，由于其特殊性，所以保留了公安局，是双层领导的，它于其它地方公安局没有太大的区别，业务由公安部指导。
3.公安局是公安机关的组织形式，是主管公安工作的政府下设职能部门。
公安局按级别通常有:直辖市公安局、省会城市公安局、地级市公安局、县级公安局，除县级公安局外，前几者均可按城市的区下分区分局。特定公安局一般受所在地政府领导、受上级公安厅、局指导。公安机关的最高部门是公安部，指导全国公安工作，包括所有各级公安局。受所在地政府、上级公安机关双重领导 。