土地确权证办理流程如下：
1、当地开展了土地确权的工作；
2、市人民政府向辖区内集体土地所有权的农民集体经济组织发布通告；
3、提出申请及申报飞地；
4、地籍调查和阶段权属审核；
5、公示公告就登记发证。
农村集体土地确权登记发证是对农村集体土地所有权和集体土地使用权等土地权利的确权登记发证。农村集体土地使用权包括宅基地使用权、集体建设用地使用权等。农村集体土地所有权确权登记发证要覆盖到全部农村范围内的集体土地，包括属于农民集体所有的建设用地、农用地和未利用地，不得遗漏。农村集体土地确权登记依据的文件资料包括：
1、人民政府或者有关行政主管部门的批准文件、处理决定；
2、县级以上人民政府国土资源行政主管部门的调解书；
3、人民法院生效的判决、裁定或者调解书；
4、当事人之间依法达成的协议；
5、履行指界程序形成的地籍调查表、土地权属界线协议书等地籍调查成果；
6、法律、法规等规定的其他文件等。
确定农村集体土地所有权主体遵循“主体平等”和“村民自治”的原则，按照乡（镇）、村和村民小组农民集体三类所有权主体，将农村集体土地所有权确认到每个具有所有权的农民集体。
《中华人民共和国民法典》
第三百三十三条 【土地承包经营权的设立和登记】土地承包经营权自土地承包经营权合同生效时设立。登记机构应当向土地承包经营权人发放土地承包经营权证、林权证等证书，并登记造册，确认土地承包经营权。第三百四十一条 【土地经营权的设立及登记】流转期限为五年以上的土地经营权，自流转合同生效时设立。当事人可以向登记机构申请土地经营权登记；未经登记，不得对抗善意第三人。