自贸区注册的不同之处主要体现在以下几方面：1、自贸区在保留原有保税区的功能前提下增加了贸易业“认缴制”和离岸出口即退税政策，服务业增加了“认缴制"和开票2万以下不收税务，2、资本的自由流通，在自贸区内以前国外的资金是很难进入国内一般都是合资或控股才能进入中国现在不一样了，现在国外的资金可以来中国投资，比如开设私人银行。再比如以前我们要去国外买一套房子，就需要先去外资委申请一下通过后才能兑换外币去买，而现在只要你在自贸区有公司，就可以省去外资委审批这个步骤自己直接去买，这就是说的资金流通自由，投资自由。3、可能推15%企业所得税优惠上海将推动税收创新，包括离岸贸易、金融采用低税率，对境外投资收益采用分期缴纳所得税等优惠政策支持自由贸易园区内企业发展。有媒体报道称，为鼓励企业发展，上海将在税收方面采取低税率，其中将包括对自由贸易区内符合条件的企业减按15%的税率征收企业所得税。4、贸易领域监管模式创新上海自由贸易试验区将实施“一线逐步彻底放开、二线安全高效管住、区内货物自由流动”的创新监管服务新模式，这是与上海综合保税区的主要区别。所谓“一线”，是指国境线；“二线”是指国内市场分界线，也就是自由贸易试验区的空间分界线。创新监管模式提出要将一线监管集中在对人的监管，口岸单位只做必要的检验检疫等工作，特别是海关方面将不再采用批次监管的模式，而采用集中、分类、电子化监管模式，达到自由贸易试验区内人与货物的高效快捷流动。
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