有区别，但是区别不大。
代理版，顾名思义由大陆代理商经销，即所谓的"行货"，质量得到官方认可，可以进行销售的正版产品。
日版，本应在日本本土进行销售的商品，不过诸如限定版手办(如会场限定版、WEB限定)、以及一些预计不在海外进行销售的手办(如东方)等个别商品没有代理版，所以商家会弄一些日版商品。另外，由于日版一般会快于代理版到货，商家也会弄一些一般商品的日版，是为了能尽早的拿到货，尽早的开始销售。
关于质量，其实二者相差无几，基本一样。多数人认为日版质量较好，其实并非如此绝对。日版由日方进行质检，代理版由中方进行质检，产品均是由中方生产，所以不用过分迷信日版。
圆神的话，不用太操心，有熟识的商家可以就地预定，不放心的话就直接在
淘宝商城的GSC代理预定，现在预定还免邮费。