粪污施用于农田后，如果不能及时被农作物吸收和利用，则其中的含氮养分可能转变成硝酸盐向地下渗漏，也可能脱氮而挥发。也就是说，如果粪污施用的时间不当，会有一些氮挥发或硝化造成氮源浪费，如果粪污在作物最需要时施用，则其中的养分可得到最有效的利用，损失也会减到最小。
冬季，尤其在冰雪覆盖和土壤冻结地区施用粪污，其中的肥料营养和细菌会长时间留在土壤表层，很容易被融化的雪水或春季雨水冲离土壤表面而进入临近水体，因此应避免冬季施肥。夏季，即使粪污可深施至0.46米以下，作物快速吸收也无法完全避免臭气，夏季施用臭气较大。秋季，施用粪肥同样存在氨气挥发问题，而且硝酸盐向地表水渗漏的风险较大。春季，在作物种植之前施用或者在土壤排干后施肥，植物吸收的养分量最大，环境污染最小。由于我国南北气温差别较大，春季种植作物的时间也稍有差别，各地应根据当地具体农时确定粪污施肥时间范围（雨天和土壤太湿的日子除外），以确保在作物种植之前完成粪污施用。