南京有以下知名的三级甲等医院：
综合性医院：
鼓楼医院（
南京大学医学院附属医院），
中大医院（东南大学医学院附属医院），
解放军
南京军区南京总医院，
江苏省人民医院（南京医科大学附属医院），
南京市第一医院（南京医科大学附属医院），
南京医科大学第二附属医院。
专科医院：
南京市口腔医院（南京大学医学院附属口腔医院），
南京脑科医院（南京医科大学附属脑科医院）、
南京市胸科医院（东南大学医学院教学医院），
中国医学科学院皮肤病医院（皮肤病研究所），
南京市儿童医院（南京医科大学附属医院），
南京市妇幼保健院（南京医科大学附属南京妇幼保健院）。
中、西医医院：
江苏省中医院（
南京中医药大学附属医院），
江苏省中西医结合医院（南京中医药大学附属中西医结合医院），
南京市中医院（南京中医药大学第三附属医院）。