首先，长期用抗生素预防感染，可使羊体处于一种“依赖”抗生素的状态，从而不能主动调动免疫系统与病原微生物作斗争。久而久之，免疫系统就会因得不到“刺激”和“锻炼”而丧失免疫功能。一旦病原入侵，就无法对付。
第二，有些抗生素对内脏有损害。如四环素、红霉素、灰黄霉素等，对肝脏有一定的毒性作用。肝脏受损，制造免疫球蛋白的功能就会下降，会间接地削弱了机体免疫功能。有些抗生素，如氯霉素，可致白细胞减少甚至再生障碍性贫血。由于血中或骨髓中具有免疫活性的细胞减少，也可降低免疫功能。
第三，由于滥服抗生素，使机体内一些正常而有益的细菌（如肠道双歧杆菌）减少，导致局部保护作用减弱或消失，也会得病。还有些抗生素，如链霉素、氯霉素、红霉素、头孢唑啉和多黏菌素B等都能抑制免疫功能，削弱机体抵抗力。