为进一步完善全国和区域优质医疗资源配置，促进医疗水平同质化，国家卫生健康委员会自2017年开始启动国家医学中心规划设置工作。根据国家呼吸医学中心设置标准，经过遴选，国家卫生健康委决定以广州医科大学附属第一医院和中日友好医院为主体分别设置国家呼吸医学中心。中国工程院院士钟南山出任中心名誉主任。
他在该领域有什么成就：
钟南山长期从事呼吸内科的医疗、教学、科研工作。重点开展哮喘，慢阻肺疾病，呼吸衰竭和呼吸系统常见疾病的规范化诊疗、疑难病、少见病和呼吸危重症监护与救治等方面的研究。并首次证实了隐匿型哮喘的存在。他所领导的研究所对慢性不明原因咳嗽诊断成功率达85%，重症监护室抢救成功率达91%。
承担项目和成果奖励
截至2010年9月，钟南山取得中国国家、省市各级科研成果20余项。主持完成了国家“973项目”（首席科学家）、“863计划”、“十五”科技攻关、国际合作等10余项重大科研项目。国家自然科学基金等科研课题的研究，多项成果获国家教委及卫生部、省市科技进步奖，享受政府特殊津贴优秀专家。获发明专利60余项。
1980年，《GD微型最高呼气流速仪》项目获广东省科技进步三等奖。
1982年，《转基因因子研究》项目获广州市科技成果一等奖；
1994年，《哮喘及气道高反应性》项目获中国卫生部重大科技成果三等奖。
2003年，倡导与国际卫生组织合作，主持制定“非典”等急性传染病诊治指南，为战胜“非典”疫情作出重要贡献，同年获何梁何利科技奖。
2004年，获广东省科技进步特等奖，省科技进步一等奖，并获得了广东省和广州市科技进步个人特等奖。
2005年，获中国国家科技进步二等奖。
2008年，《应用siRNA策略研制预防和治疗SARS疾病特效药动物实验》项目获广东省科学技术二等奖。
2008年，《慢性咳嗽的病因诊断程序、发病机制及其治疗研究》项目获广州市科学技术进步一等奖，《SARS冠状病毒灭活疫苗及相关研究》 项目获广州市科学技术进步二等奖。
2009年，《创建防治结合型全科医学人才培养模式，推动社区卫生服务可持续发展》项目获中国国家级教学成果二等奖。
- 论文著作
截至2010年9月，钟南山在中国国内外医学杂志发表论文150余篇，其中国外发表论文被SCI引用81次，主编了《英中日图解医学辞典》《Asthma》《现代呼吸病进展》《解读急性传染性非典型肺炎预防与对策》 《传染性非典型肺炎临床诊断与治疗》。
人才培养
截至2003年7月，钟南山先后培养博士、硕士研究生十名，其中包括广州呼吸疾病研究所陈荣昌教授和延安大学附属医院榆林一院李莉博士。钟南山从教数十年，是一位桃李满天下、锐意创新的教学名师。2010年，为了推动医学教育改革创新，培养更多拔尖人才，钟南山亲自参与挑选和面试，从广州医学院2010级416名临床医学专业新生中选拔32名成立“南山班”，并亲自担任班主任。“南山班”一改传统医学院校大班授课、临床实践不足的落后教学模式，实行小班教学，鼓励动手实践，增加师生互动，培养学生国际视野。钟南山在开班仪式上说：“希望我班上的学生从一年级起就能亲身接触病人，我们的目标不是培养英语流利、却去国外实验室做高级打工仔的人，而是创新型的中国医学实用人才。”