首先，重点大学的概念只是在80年代初的时候由教育部具体规定了88所，之后就没有官方的规定，通常我们所说的重点大学指的是高考招生第一批录取的院校，但很多院校在不同省份属于不同的招生批次。
南京可以称为重点大学的应包括以下院校：
南京大学、东南大学 以上两校是南京地区最好的两所大学
南京理工大学 南京航空航天大学 两所学校隶属于国防科工委体系，属于军工体系大学，实力雄厚
南京师范大学、南京农业大学、河海大学 三校都脱身于南京大学和金陵大学 是南京高校的中坚力量
其中河海大学是中国最好的水利院校
中国药科大学 中国最好的药科大学
另外 南京医科大学 南京邮电大学 南京工业大学 南京信息工程大学 南京林业大学 南京财经大学 南京中医药大学也都是很优秀的高校
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