基本概念：学术型硕士与专业型硕士
专业学位，是相对于学术型学位而言的学位类型，其目的是培养具有扎实理论基础，并适应特定行业或职业实际工作需要的应用型高层次专门人才。专业学位与学术型学位处于同一层次，培养规格各有侧重，在培养目标上有明显差异。学术型学位按学科设立，其以学术研究为导向，偏重理论和研究，培养大学教师和科研机构的研究人员；而专业学位以专业实践为导向，重视实践和应用，培养在专业和专门技术上受到正规的、高水平训练的高层次人才。专业学位教育的突出特点是学术型与职业性紧密结合，获得专业学位的人，主要不是从事学术研究，而是从事具有明显职业背景的工作，如工程师、医师、教师、律师、会计师等。专业学位与学术型学位在培养目标上各自有明确的定位，因此，在教学方法、教学内容、授予学位的标准和要求等方面均有所不同。
具体到医学专业：
1、医学类的专业硕士均为双证（学位证+毕业证），不存在单证之说。
2、关于学术型和专业型孰好孰坏之说，这大家各有解释，只有上了才知道。总之：
（1）学术型好考博（学术型博士），可以提前攻博、转博。
（2）专业型好毕业（只需写一篇综述），不可以提前攻博、转博。但是可以直接考临床型博士。
3、学习：学术型的在学校学习一年，然后下临床轮转一年，最后一年做实验，出文章。（只限于国内一般的医学院，TOP10的医学院校基本上是不下临床的，因为老板的课题做不完）
专业型的在学校学半年，下面两年半的临床，本科室学习一年，二级学科方向轮转一年，最后半年出文章，进行答辩。
4、学费补贴：学术型的大部分是公费，一般可用享受到国家普通奖学金。专业型的（2009）基本都是自费，享受基本奖学金各个学校不一样。但是在临床上享受的补贴要比学术型的多。
5、科研：专业型的也可以做科研，看你是不是想做，而且我觉得专业型的必须做科研，最起码可以做临床标本方向的，研究生不做科研其实跟本科生一样，好歹咱也要些科研思维，毕业的时候也有些能拿出手的东西。
6、最后颁发的学位证是不一样的。具体可以看国家给的证书样式。
http://www.sdjxjy.com/uploadfile/200953114541999.doc 一般而言学术型的专业写到三级学科。如：内科学（心血管）。不包含你的研究方向。
专业型的只写到二级学科。如：内科学。其实这样也有好处，首先可以增加你的就业方向，只要是在内科学的范畴内的都可以就业。缺点是可能去不了你读研时候的那个科室。
总之：今年的专业型不像去年，去年的专业型都没人去上，今年很多人抢着去上，说明大家也逐渐在明白研究生最后还是需要走上临床。不过，在医院如果一个医生不会看病，他就是博士又何妨。所以不管是科研型还是临床型，多学点临床技能才是最重要的。
总结：
临床科研毕业颁发医学科学学位,在读期间主要从事实验课题研究。
临床技能研究生毕业颁发医学专业学位,在读期间主要在医院科室进行临床轮转。
非应届生报考临床技能必须有医师资格证书,应届生无此限制。
学术型硕士与专业型硕士的区别主要在以下三个方面：
（1）培养方向不同
全日制学术型硕士教育以培养教学和科研人才为主，授予学位的类型主要是学术型学位；
全日制专业型硕士是国家为了克服学术型硕士的不足新增的一种新硕士，培养的是现在市场紧缺的应用型人才。
（2）招生条件不同
全日制学术型硕士不需要报考者有一定年限的工作经历。
专业硕士有的要求报考者有一定年限的工作经历，绝大多数专业硕士还要求在职人员报考需经所在单位或相应管理部门的同意，有的甚至要求所在单位推荐等。