要确定一种病原体属于哪一级生物安全水平以实验操作为基础，对病原体的操作通常与进行鉴定或分型所需的病原体的生长状况，以及病原体的数量和浓度有关。如果操作临床样本比操作培养样本对工作人员造成的危险性小，就建议确定较低的生物安全水平级别。另一方面，如果实验操作涉及体积较大的样本和（或）浓度较高（“生产数量”）的病原体制备品，或可能产生气溶胶，或操作本身就有危险，则需要额外的预防措施，并提高初级和二级防扩散装置的水平。“生产数量”是指感染性病原体的体积或浓度，大大超过了通常进行鉴定和分型所需要的量。正如在大规模发酵、抗原和疫苗的生产以及各种商业和研究活动中，感染性病原体的增殖和浓缩需要处理大量“生产数量”级的感染性病原体。大量的感染性病原体可能造成危险性增加，所以对于任何指定的病原体，不可能将“生产数量”限定为有限的体积或浓度。因此，实验室主管必须对要进行的实验操作进行评估，选择与危险性适合的操作技术、防扩散仪器和设施，而不需考虑涉及的病原体的体积和浓度。
有时实验室主管选择的生物安全水平应该比建议的级别要高。例如，计划实验的独特性质可能需要较高的生物安全水平（如吸入研究，就需要对实验产生的气溶胶进行特殊的防扩散限制）；或者实验室接近需要特殊考虑的区域，也要求较高的生物安全水平（如位于患者护理区附近的诊断实验室）。同样，可以采用推荐的生物安全水平来补偿由于缺乏某些推荐的保护措施而引起的不足。例如，对于建议采取"级水平的微生物，在设施特征满足"级水平的实验室中进行常规或重复性操作（如为了鉴定、分型及敏感性检测而进行一种病原体增殖的诊断程序）时，只要严格按照建议的标准微生物学操作规程，适合"级水平的特殊操作规程和安全设备进行，也可达到可以接受的安全水平。
在"级水平下，使用"级水平操作技术和规程就能够安全地对临床样本进行常规的诊断工作。在"级设施中，使用"级操作技术和规程可以进行进一步的研究工作（包括共培养、病毒复制研究或涉及浓缩病毒的操作）。
