你好，你是问两个科室的差别还是两种治法的差别？我就分开说吧。
理疗是指利用人工或自然界物理因素作用于人体，使之产生有利的反应，达到预防和治疗疾病目的的方法。理疗即物理疗法，广义的理疗包括针灸、
拔罐、推拿、导引、熨贴、超声波及当前的理疗仪器治疗等。针灸不仅包括针刺、艾灸还包括推拿、拔罐、贴敷等，所以严格意义上将，针灸属于理疗。
理疗科和针灸科还是有截然的区别的，理疗科这包括电疗、磁疗、超声疗法、泥疗等等，但不包括针刺、艾灸、推拿等传统科室的疗法。针灸科以针刺、
艾灸疗法为主，还包括拔罐、穴位贴敷、
放血疗法等等。目前大多数医院的两个科室有着极大的区别，但很多医院的针灸科与理疗科都合并在一起，也没有严格的区分，毕竟针灸科是传统的中医治疗科室，理疗科则是最近几十年兴起和发展而成的科室。
这是我的认识，希望对你有用。