seele并不知道丽会背叛老碇
在seele的计划中，量产机捕获初号机后，将由量产机通过数量优势来侵蚀并引发真嗣的自我崩坏，继而掌握对生命之树的控制权——对补完的主导权
但是丽背叛后加入了补完的进程，由她来突破了真嗣的ATF，并且在与量产机争夺对生命之树控制权的交锋中胜出，那些量产机后来之所以会显现出丽的样貌就是因为被Lilith逆向侵蚀同化了
seele选择真嗣来补完全人类，是因为心理残缺的真嗣很容易就会被从精神上击倒并受到控制——将他作为一个没有自我的傀儡或者说是媒介工具来使用
而在丽的剧本中，通过突破真嗣的心理来启动仪式后，就又把真嗣的自我重新聚合，从而以他的意志来作为补完的方向
总之，丽的背叛无论是对老碇还是对seele来说都是一个意外
PS：补完的四个剧本（个人理解）
seele版：在捕获初号机、召回郎枪并破坏驾驶员自我后，由复制于Adam的量产机和复制于Lilith的初号机作为Adam和Lilith的替代品进行融合并引发第三次冲击，由预设在量产机Dummy中的指令引导补完向着“全人类合而为一”的方向发展
唯版：设法获得Adam的肉体，与NERV地下的Lilith进行融合引发第三次冲击，而唯将自己的灵魂融入了初号机，以期在补完中成为主导者，进而使得补完向着她希望的、“人类能够选择是合而为一还是继续以个体的形式存在”的方向前进
老碇版：前面与唯版无异，区别在于与Adam肉体同化的他将以补完的另一个主导者的身份与唯在意识中再会并共同完成补完——他所在意的也只有与唯的再会了
丽版：吸收了老碇手中的Adam、又和Lilith融合后，丽作为Adam与Lilith的融合体直接从量产机那里夺取了对生命之树的控制权，然后以真嗣的意志为目的来发动补完
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