一、专业不同
1、机械工程是一门涉及利用物理定律为机械系统作分析、设计、制造及维修的工程学科。机械工程是以有关的自然科学和技术科学为理论基础，结合生产实践中的技术经验，研究和解决在开发、设计、制造、安装、运用和维修各种机械中的全部理论和实际问题的应用学科。
2、机电工程实为机械和电气工程两个专业的统称，但有时也作为机械电子工程专业的简称。机械电子工程专业培养具有必备基础理论知识、专门知识和较强的从事本专业领域实际工作的能力，适应生产建设、管理、服务第一线需要的，德、智、体、美等方面全面发展的高级应用型、技术型人才。
二、培养目标不同
1、机械工程学科专业全日制学术型获得者应较好地掌握中国特色社会主义理论，能够运用马克思主义的观点和方法分析问题、解决问题；拥护党的基本路线、方针和政策热爱祖国，遵纪守法，具有良好的职业道德，积极为我国的社会主义建设服务。
2、机电工程专业培养具有必备基础理论知识、专门知识和较强的从事本专业领域实际工作的能力，适应生产建设、管理、服务第一线需要的，德、智、体、美等方面全面发展的高级应用型、技术型人才。
三、前景不同
1、机械工程一向以增加生产、提高劳动生产率、提高生产的经济性，即以提高人类的利益为目标来研制和发展新的机械产品。在未来的时代，新产品的研制将以降低资源消耗，发展洁净的再生能源，治理、减轻以至消除环境污染作为超经济的目标任务。
2、机电一体化是集机械、电子、光学、控制、计算机、信息等多学科的交叉综合，它的发展和进步依赖并促进相关技术的发展和进步。因此，机电一体化的主要发展方向如下：
1）智能化
智能化是21世纪机电一体化技术发展的一个重要发展方向。人工智能在机电一体化建设者的研究日益得到重视，机器人与数控机床的智能化就是重要应用。
2）模块化
模块化是一项重要而艰巨的工程。由于机电一体化产品种类和生产厂家繁多，研制和开发具有标准机械接口、电气接口、动力接口、环境接口的机电一体化产品单元是一项十分复杂但又是非常重要的事。
参考资料来源：百度百科-机电工程专业
参考资料来源：百度百科-机械工程