近亲繁殖的一个非常严重且不可避免的负面效应就是产生“近交衰退”，即后代的生命力、适应力、繁殖力等减退。所以我们看到现在的纯种犬体弱多病，寿命也短，而且活得并不舒服。纯种犬近交衰退的原因主要有两点：
1、有害的
隐性基因的暴露：
自然选择只选择对生物有利的性状，而人工选择只选择对人类有利或者
犬种标准上的性状，对于其他诸多关乎狗生存的性状不以为然。经过频繁的近交，人们眼中的优良性状的基因都被纯化，同时也不可避免地将将原本稀少的处于抑制状态的隐性致病基因纯化了，这就成了带有先天性
遗传病的纯种犬了。一些引发明显病症的致病基因很容易被淘汰掉，但是，隐性的致病基因相对于整个
基因组太多了（已知的犬基因疾病就有500种），其中一些能导致
慢性病的基因是无法及时淘汰掉的，还有少数可能与这一品种的某一性状基因连锁，更别想淘汰掉，这就酿成了
《纯种狗的悲哀》。
2、多基因平衡的破坏：
个体的发育受多个基因共同作用的影响，虽然其中每个基因的作用效应微小。对环境适应较好的野生或杂交动物，由于自然选择的作用有利于保存那些生物适应能力较强的基因组合具有平衡的多基因系统，近交繁殖往往会破坏这个平衡，造成个体发育的不稳定。所以说，对于任何一个物种，并不是越纯就越好越优秀，有利就有弊，物极必反。