达尔文进化论并不是事实。这里只考虑三个漏洞：突变，化石记录，人兽之别。
突变
据说突变是所有基因变异的最终来源, 提供了进化力量如自然选择可以采取行动的原料。
假定有益的突变是进化的基础，那么突变又有多少是有益的呢？进化论者对于这个问题，意见完全一致。例如卡尔•萨根（Carl Sagan)说：“突变大部分都是有害或者致死的。”《Cosmos》彼欧•科拉尔（Peo Koller)说：“绝大多数的突变对于带有突变种基因的那个生物，都是有损害的。实验表明要经过成千成万有害的突变，才会有一个是成功、有用的。”《Chromosomes and Genes》
因此，大多数突变是中性的或有害的，有利的突变是罕见的。由于突变对基因的破坏性影响，生物体具有DNA修复等机制，通过将突变序列恢复到原来的状态来防止或纠正突变。
可见，“中立”的突变除外，有害的以千万与一之比在数量上超过有益的。《大英百科全书》说：“这个结果是意料中事；大凡在任何复杂的组织中，意外变化的情形都是这样的。”由于这个缘故，据称突变是数以百计先天遗传疾病的祸首。
《美国百科全书》承认：“事实上，大部分基因突变对有机体都产生破坏作用。进化的突变理论却认为，这个过程能产生进化所需的原料。看来事实跟理论颇难协调。其实，生物学课本展示的突变异种都是些畸形的怪物。突变的结果看来是破坏，而不是建设。”（第10卷，742页）要是拿突变种昆虫和正常昆虫竞争，结果总是一样。莱迪亚德•斯特宾斯（Ledyard Stebbins)说：“经过若干代之后，突变种迟早被消灭。”《Processes of Organic Evolution》它们没有竞争力，因为它们非但没有改良，反而退化了而处于不利的地位。
德国马克斯－普朗克植物培育研究所的科学家沃尔夫－埃克哈德•伦尼希（Wolf-Ekkehard Lönnig）说：“突变不能够把原有物种变成另一个全新的物种。这个结论跟科学家在20世纪研究突变所得到的经验和结果吻合，跟或然率的计算也相符。因此，变化会有规律地重复这件事，让人看出不同物种有不同基因，界限分明。物种之间存在实实在在的界线，是意外的突变不能除去，无法逾越的。” 《Mutation Breeding, Evolution, and the Law of Recurrent Variation》
实情正如约翰•穆尔（John N. Moore）教授所说：“根据十分严谨的研究和分析，如果武断地声称基因突变是涉及天然选择的任何进化过程的原料，那就是信口雌黄了。”《On Chromosomes, Mutations, and Phylogeny》
化石记录
如果进化是事实，那么化石证据就一定会显示生物是逐渐由一种演变成另一种的。此外，倘若进化论的确基于事实，化石纪录就应该展示生物躯体新构造的初形如何才对。起码应该有一些化石具有仍在发展中的臂、腿、翅膀、眼睛，以及别的骨骼和器官。
关于这点，英国《新科学家》周刊就进化论说：“它预言会有一套完整无缺的化石纪录，由一个个有机体的谱系组成，证明发生过长时间循序渐进、连续不断的演变。”达尔文自己也扬言道：“以往存在过的中间变种的数目，一定非常庞大。”
然而，进化论者史蒂文•斯坦利（Steven Stanley）说，这些化石“就人类的生物学起源透露了令人惊奇的新资料”。《The New Evolutionary Timetable》 由三位进化论者合著的《生命一观》这本书补充说：“化石纪录中充满古生物学家所无法解释的趋向。”
那么，化石记录到底显示什么呢？
令这些科学家大惑不解的是，现存大量化石证据所透露的结果，跟达尔文当年的情形完全一样：生物的基本种类是突然出现的，而且经过很长时间也没有什么大改变。生物各大类之间从来就没有发现过什么过渡环节。这样看来，化石纪录所表示的，与进化论者所预期的刚好相反。
《新科学家》承认说：“很可惜，化石纪录却不如所料，因为个别物种的化石之间甚少有已知的中间类型加以连接。其实可考的化石物种看来经过千百万年也并没有进化。”
美国芝加哥《实地博物馆馆报》指出：“达尔文的进化理论一直被认为跟化石证据有密切关系。一般人也可能以为，支持达尔文的生物演化过程的论据，主要来自化石。可惜，这个看法不大正确。无论当时还是现在找到的地质记录，都不能证明生物是通过一连串缓慢而渐进的过程逐步进化的。物种在生物史上都是十分突然出现的，在纪录上全无改变的迹象，或者只有很少，然后就在纪录上忽地消失了。此外，下一代是否真的比上一代更加适应环境，也往往不很清楚，而事实上很少是清楚的。换言之，生物结构上的进步是很希罕的。”（第50卷，第1号，22-23页)
科学家希钦（Francis Hitching)——写道：“你若找寻各大类动物之间的连系，就会发觉根本没有这种连系存在。“令人出奇的，就是化石漏洞很有规律：在所有要紧的环节上都缺掉化石。”《长颈鹿的脖子》
古生物学家戴维•劳普（David M. Raup）说：“无论是在达尔文时代还是在今天，地质学家都发现：化石记录是断断续续的，物种在生物史上都是突然出现的，出现后没怎么改变，然后突然消失。”《Field Museum of Natural History Bulletin, “Conflicts Between Darwin and Paleontology”》史蒂文•斯坦利（Steven Stanley）在《新编进化时间表》一书中写道：“纪录完全不能表示生物由一大类过渡到另一大类之间的逐渐转变。”他说：“已知的化石纪录无论以前、现在都是与［缓慢的进化过程］不一致的。”
达尔文则承认说：“各种类型都截然独特，异类之间又没有无数过渡性的环节将其连接起来。这都是明显的困难。”《The Origin of Species》
有好几种会飞翔的动物都有化石可考，其中包括鸟类、蝙蝠、绝了种的翼指龙。根据进化论，这些动物必然是从过渡性的祖先进化而成的。可是从来就没有这种过渡的类型被人发现过，连半点线索都没有。有没有任何长颈鹿的化石，脖子只有现在长度的三分之二或者四分之三呢？有没有任何雀鸟的化石，喙部正在由爬行动物的颚变出来呢？有没有任何鱼类的化石证据，展示鱼类正在发展出两栖动物的骨盆，或者有鳍刚要变成两栖动物的腿、足、趾呢？事实摆在眼前：要往化石纪录里找寻诸如此类在发展中的特征，是白费工夫的。
遗传学家斯特宾斯写道：“目前各主门动植物之间并无过渡类型。”他提到“各大类有机体之间存在着一个个深沟”。《Processes of Organic Evolution》, 147页。“事实上，”《新编进化时间表》说，“化石纪录在不同物种之间连一个确确凿凿的过渡连环也不能够提供出来。而且，各种生物都存在了长得惊人的时间。”
这一点符合伦敦地质学会和英国古生物学协会所作的大规模研究。自然科学教授约翰•穆尔就研究所得提出报告说：“有120位全是做专门研究的科学家，合写了一部厚800页共分30章的巨著，胪列动植物的化石纪录，把物种分成大约2500组。研究显示，各大种、类的动植物都自有一个与别的种、类毫不相混的独特历史！各组动植物都是在化石纪录中突然出现的。鲸类、蝙蝠、马类、灵长类、象类、野兔、松鼠等等，全部都截然不同，由最初出现直到现在都是这样。纪录中丝毫没有共同始祖的痕迹，至于和所谓的祖先——爬行动物——就更不用说有什么连系了。”《进化论应该被教导?》 9, 14, 24页
航天工程师卢瑟•萨瑟兰（Luther D. Sutherland）在其著作《达尔文之谜》一书中写道：“科学证据显示，每逢有不同品种首次在地球上出现，不论小至单细胞生物，大至人类，都是一出现就已经是完整的，其中的器官和组织都是完整而且功能齐全。这样的事实使我们不得不提出以下的推论：当生命在地球上首次出现之前，某种智慧已经存在。”
在美国俄勒冈州大学取得博士学位的物理化学家唐纳德•奇蒂克（Donald E. Chittick）评论说：“假如你直接察看化石记录，就会同意创世记所说，动物都是各从其类地繁殖的，并没有由一种生物变成另一种生物。现在所掌握的证据，跟达尔文时代所掌握的一样，都与创世记记载的直接创造互相吻合。动植物不断各从其类地繁殖。事实上，古生物学和达尔文进化论的分歧实在太大了。因此，有些科学家开始相信，那些失落的环节是永远也找不到的。”
动物学家科芬（Coffin）说：“对不信宗教的科学家来说，化石——古代生物的遗迹——就是最高的终审法庭了，因为化石纪录是科学上惟一信而有征的生物历史。如果化石历史与进化论有出入的话——而我们的确看见两者有出入——这表示什么呢？这表示植物和动物的基本类型都是创造出来的。化石纪录的基本事实支持创造而非进化。”《自由》，14页。
人兽之别
人兽之间的巨大鸿沟把进化论者难倒了。这道鸿沟到底有多巨大？关于这个问题，请看看进化论者本身的意见。
进化论者科尔巴利斯（Michael C. Corballis）评论：“人和其他灵长目动物之间的连系显然中断了。‘灵长目动物的个子同人一样大，但出乎我们的意料，人脑的体积竟然比它们的脑子大两倍。’”神经病学家理查德·雷斯塔克（Richard M. Restak）说明个中原因：“在已知的宇宙中，人脑是惟一有能力自我理解的器官。”
利基承认：“人具有的自觉意识使科学家感到进退两难，有的认为这个问题是解决不了的。我们人人都有自我意识，凡我们所想所做的，都能一一领悟，这种能力非常奇妙。”他又说：“在智人和自然界的其他生物之间，语言成了一道又大又深的鸿沟。”
此外，从来没有动物敬天拜神。爱德华·威尔逊（Edward O. Wilson）说：“先天的宗教倾向是人脑中最强大的动力，而且复杂无比；这种倾向也是人性的一部分，可说是磨灭不掉的。”
“人的行为使达尔文学说疑窦丛生。”进化论者罗伯特·赖特（Robert Wright）直言不讳，“幽默、欢笑有什么功用？人为什么在临终时忏悔？悲伤的功用究竟是什么？人已经死了，悲伤对基因又有什么用呢？”
由于许多人乐意帮助别人，甚至不惜付出代价，所以有些人认为这是“人性”的一部分。乐于助人甚至不惜为此付出代价，在所有民族、文化都看得到，这一点跟进化论相矛盾。进化论说，人是按照“弱肉强食”“适者生存”等定律进化而来的。遗传学家弗朗西斯·科林斯（Francis S. Collins）曾领导美国国立机构人员，破译人体基因(DNA)密码。他说：“对支持进化论的人来说，要解释为什么人类有舍己为人的精神是一大难题。有人说某些基因驱使生物自私自利，为求生存不惜一切，这个说法无法解释为何人类会有舍己为人的精神。”他也说：“有些人无私地献出自己，去帮助那些不属于自己的群体［家庭、种族、社会阶层、宗教团体］的人，或跟自己毫无共通之处的人看来达尔文的理论无法解释这一点。”
同样，在哈佛大学从事天文学研究的教授欧文·金格里奇（Owen Gingerich）说：“舍己为人的精神也许真的引起了一个问题，是我们无法从观察动物界得到一个符合科学 的答案的。令人信服的答案也许根本就在另一个范畴，是跟上帝赋予人的种种特质有关，这包括良心在内。”
《大英百科全书》指出，人的脑子“具有极大的潜在力量，远超过人终生所能发挥的”。此外，有人说人的脑子能负荷目前任何数量的学问和记忆，以至这个数量的十亿倍！但是进化过程又有什么理由要产生这么多余力呢？一位科学家承认说：“事实上，生物身上赋有一个到现在还没有学会怎样使用的器官，这种情况就只有这么一个例子。”他接着问道：“这个情况又怎能与进化论最基本的假设吻合呢？假设就是：物竞天择的过程是逐渐的，每进一小步，就赋予那个生物一种起码而可以量度的有利条件。”他补充说人脑的发展“是进化论最无法说明的环节”。（《The Brain: The Last Frontier》 ，59, 69页）
《生命升华》说：“每当我们细心想想，试问进化过程又怎么可能产生审美眼光，怎么可能叫人热爱真理、满有怜悯、爱好自由呢？最重要的是，人类的精神领域广阔无际，这一切都令我们大惑不解。”