明朝迁都北京后,对历代帝王的祭祀或在南京进行,或在北京郊区和故宫文华殿进行,嘉靖皇帝于嘉靖九年(1530)兴建北京历代帝王庙,祭祀人物沿袭南京旧制,但只设牌位不塑像。嘉靖二十四年(1545),撤消了元世祖忽必烈和穆呼哩等5位元代君臣牌位。之后,南京旧庙废弃。北京历代帝王庙成为全国唯一的历代帝王祭祀场所。在中华历史长河中,形成了从三皇五帝到历代帝王一脉相传的人物系列,后世对他们的祭祀是我国古代礼制的组成部分。早在先秦时期《礼记·祭法》中就记载了凡“法施于民”、“以死勤事”、“以劳定国”、“能御大灾”、“能捍大患”者,都应祭祀,认为伏羲、炎帝、黄帝、尧、舜、禹、汤、周文王、武王等,都是这些人物的重要代表。
秦汉以后,对三皇五帝和历代帝王的祭祀不断发展变化:经历了从陵墓祭祀到立庙祭祀、从个体人物祭祀到系列人物祭祀、从分散单独祭祀到集中群体祭祀、从祭祀开国帝王到祭祀守业帝王、从祭祀华夏-汉民族帝王到祭祀多民族帝王、从主祀帝王本人到贤臣陪祀的发展过程。