1、发酵工业：
酵母菌（真菌）用于造酒；细菌用于生产味精、
赖氨酸，制醋，生产细菌多糖、黄原胶等。
2、食品工业：真菌、细菌用于腐乳、豆豉、
纳豆等、奶酪、酸奶。酵母菌（真菌）用于馒头、面包。
3、轻工业：真菌、细菌用于生产多种酶类制剂，用于纺织、造纸等。
4、环境保护：废水处理的活性污泥；超富集微生物（真菌、细菌）富集重金属等。细菌用作环境污染指示生物。
5、生物冶金和生物采油：超富集微生物（真菌、细菌）富集重金属；解磷菌、解硫菌、解钾菌等可以破坏伴生矿物，释放贵重矿物。细菌混合物辅助石油开采，生物采油。
6、农林业：农用
益生菌、内生菌、固氮菌、生防菌、拮抗菌等等。各类蘑菇、地钱。
7、医药卫生：添加肠道益生菌。抗生素生产用真菌、放线菌等。生产疫苗。未来，细菌可以作为基因治疗的载体。细菌数量用于水质标准、食品卫生标准。
8、生物产业：单细胞生产蛋白质；作为蛋白质表达分离的宿主。
9、基因工程：表达系统的宿主、场所。
10、科学研究：模式生物、表达宿主。
11、人工降雨、雪：细菌作为生晶种，释放于天空，集雨。
12、体育馆场、高尔夫球场除草：特殊植物病原菌，针对除去杂草。
13、古建筑保护：与
碳酸钙代谢相关的细菌，在古建筑表面形成碳酸钙结膜，保护古迹。
14、坏人用于细菌战、用于生物恐怖。例如
鼠疫菌、炭疽菌等。