其实不仅是明朝，纵观中国历史上的中原王朝，尤其是汉人建立的王朝没有一个能彻底解决北部边患的，即便是雄汉盛唐也不能，但解决不了不代表实力不济，汉朝曾北击匈奴，封狼居胥，唐朝也曾灭突厥，征高句丽，明朝北伐蒙元，“捕鱼儿海”一战擒获蒙元王公贵族无数，一举洗刷当年“靖康之耻”的耻辱，这些无不显示出了中原王朝强大的实力和战斗力。但打败游牧民族也许并不难，但想要彻底征服甚至消灭他们，根除他们的文明很难，这是中原王朝的性质决定的，至于原因，就以朱棣北伐蒙古为例，我来谈谈自己的一些想法。
我认为究其原因是农耕文明和游牧文明的不同所决定的。中原文化以农耕为主，而蒙古则是游牧文明，所以经过几千年的角逐，演变，中原王朝占据了东亚最适合耕种的土地—黄河流域和长江流域，而游牧民族则占据了北方最富饶的草原，中原不适合放牧，草原不适合耕种，因而这就决定了，中原王朝对北方游牧民族的政策大多以防备为主，而不以消灭为主。
但是相反的，游牧民族南侵却很常见，一来游牧民族逐水草而居，若遇上自然灾害，缺衣少食的他们除了南下劫掠解决困难外没有别的办法。二来他们几乎都是骑兵，机动性很好，打的过打，打不过就跑，而中原王朝大多以步兵为主，所以善于攻防战而不善野战，若主动出击，在北方平原上交战，步兵的劣势会被无限放大，很难赢得胜利，况且深入草原腹部，想找到敌方主力进行决战也是一件很困难的事，即便能赢也常常会付出惨重代价，以这样惨重的代价换来一片几乎毫无价值的土地，是否值得又是一个问题。三来游牧民族发动战争的成本很低，而中原王朝北伐的成本很高，像每次北伐，一个在前方打仗的士兵往往都需要3-5个后勤保障人员。
以上三点既是游牧民族南下也是中原王朝大多被动防守的原因。
而朱棣征蒙古也是如此，打得过但无法彻底消灭也是如此，还有当时虽然北元已灭，蒙古也因此重新陷入四分五裂，但鞑靼，瓦剌，兀良哈三部崛起，重新威胁明朝北部边境，而且分裂成几个部落也是优势，朱棣打完鞑靼，兀良哈崛起了，再去打兀良哈，瓦剌又崛起了，如此一来，远征根本无法彻底消灭蒙古诸部，这个道理也很好理解，就像当年匈奴灭亡后，鲜卑崛起，鲜卑入主中原后，柔然崛起，柔然消亡后，突厥，回鹘，契丹等先后崛起，再到后来的蒙古，这些游牧民族像中原王朝政权更替一般，先后占据蒙古大草原，永远不会让这片土地荒废，也永远不会让中原王朝安稳。
再者长途征战，消耗太多国力不说，后勤保障很容易跟不上，没有了支援，孤军深入是很危险的，而蒙古诸部却不存在这个问题。于是北征便面临着长途跋涉，孤军深入，供给不足等问题，后来朱棣也意识到这个问题了，他开始在蒙古诸部间玩“以夷制夷”的平衡政策，即培植新势力对抗旧势力，像兀良哈便是朱棣有意扶持来对抗鞑靼的，但随着兀良哈实力的坐大，最后也不受明政府控制，成为明朝的又一大患，这种结果也是不可避免的。再加上明朝奉行的“不和亲”政策，坚决不与蒙古人和亲，这就使得明朝与蒙古之间更不可能有太多交集和血缘上的亲近，只有仇恨，不是你死便是我亡，这就造成了在明朝强盛时可以压着蒙古，而在明朝衰落时，蒙古一定会成为边患，双方矛盾不可调和。
像明朝初期曾在蒙古设立过卫所，企图控制蒙古地区，可是到了朱棣时期，这些卫所一一被废弃，明朝防线再次回到长城一线。
所以明朝的特殊民族政策和中原农耕文明的特点决定了明朝很难或者说几乎不可能彻底消灭蒙古，更无法对蒙古旧地形成有效的控制。