法律分析：一、建档立卡贫困户住院怎么报销医药费每个地区的报销会有所不同，详细可以咨询当地社保部门。
二、建档立卡贫困户住院报销比例是多少医疗报销只分农村居民和城镇职工，与是否为贫困户及是否持有低保证无关。
法律依据：《中华人民共和国社会保险法》
第二十四条 国家建立和完善新型农村合作医疗制度。新型农村合作医疗的管理办法，由国务院规定。
第二十五条 国家建立和完善城镇居民基本医疗保险制度。城镇居民基本医疗保险实行个人缴费和政府补贴相结合。享受最低生活保障的人、丧失劳动能力的残疾人、低收入家庭六十周岁以上的老年人和未成年人等所需个人缴费部分，由政府给予补贴。