清初之所以造成以吴三桂为代表的三藩在南方形成强大的割据势力，最终爆发“三藩之乱”，是由各方面的矛盾，各方面的因素交织纠缠的结果。
第一，清军入关的形势所然。可以确定地说，如果当初吴三桂在山海关坚决抵抗，清军是很难入关的。之前清朝和明朝发动了一系列的战争，清朝也取得了一定的胜利，但是，如果明朝不被农民军搞得左支右绌，疲于奔命，清朝在整体实力上，很难是明朝的对手。如果据守山海关的吴三桂，站在民族大义的立场上，坚决抵抗清军，清军要打进关来，其实也不容易。但是民族大义在吴三桂那里没用，吴三桂只是一个投机的军阀。
清朝也正是利用他这一点，在他的帮助下，打败了李自成的农民起义军，灭亡李自成的大顺政权，挺进关内，入主中原。由此可见，顺治和多尔衮能够入关，都是吴三桂倒戈帮助的结果。他们入关后，不可能立刻干掉吴三桂。一是从情理上，他们没有这样做的契机；二是从能力上，他们未必就绝对是手握重兵的吴三桂的对手；三是从形势上，他们也不可能和吴三桂火并，火并的结果只能是两败俱伤，让李自成和南明渔翁得利。
第二，顺治和多尔衮需要吴三桂帮助收拾南方各种反清势力。清军虽然入关，但当时他们只不过控制了中原地区。就是中原地区，他们也没有完全控制。因此，他们急需吴三桂。一是清军的力量有限。之所以说清军力量有限，首先是人数不多。因为满人基数小，清军总人数也比较少，最多十万人。这十万人无法铺撒到广阔的战场上。其次清军的指挥权并不统一。清军是八旗军，皇室及贵族控制着八旗，而当时又是多尔衮摄政。多尔衮最多对他控制的正白旗、镶白旗有绝对的控制能力，其他旗他并不一定指挥得动。这样一来，人数就更有限。
二是利用吴三桂等人剿灭各个割据势力，可以借力打力。吴三桂等人更加熟悉南方各地的情况，对各个割据势力的情况也非常了解，让他们来打，可以起到事半功倍的效果。同时，就算吴三桂等人打不赢，但可以实现两败俱伤，也借各个割据势力的手，消灭掉吴三桂。清朝觉得这完全是一举多得。
第三，清政府放松了对吴三桂的警惕。之所以放松了对吴三桂的警惕，原因也是多方面的。一是吴三桂做了许多事，表达了对清朝的忠臣。吴三桂在清军入关以后，就公开与南明小朝廷划清界限，并且公开称崇祯是旧主，表明了自己的态度。接着他开始了对农民军残酷镇压，甚至多次屠城，让清军对他有文化上的认同。后来，当他镇压南明永历政权，抓到朱由榔及太子后，不但把他们绞死，而且还要把他们劈成两段毁尸。还是身边的清将阻止，他才没这么干。
所有这一切，都是他向清军表达忠诚的表现，这也让清政府放松了对他的警惕，不但派他平定西北，又派他平定西南，让他的势力遍布各地。二是顺治帝的不作为。多尔衮猝死后，顺治帝亲政。顺治帝先是为培植自己的势力，非常信任汉人大臣，对洪承畴和吴三桂都非常相信。但是后来，当他在无力推动朝廷的时候，又有些灰心丧气，迷恋佛教，更加不理朝政，因此也更加放松对吴三桂的约束。
三是清政府觉得对吴三桂的优宠和联姻可以打消他的反叛之心。清朝对吴三桂封赏得非常厉害，不但封为平西王，还给他很大的权力。同时，又把长公主建宁公主嫁给吴三桂长子吴应熊，并让吴应熊住在京城，并作为质子。清政府以为这样就可以确保吴三桂不造反。但是，在权力欲望的控制下，吴三桂就算大儿子可能被杀死，就算自己已经60多岁，时日不多，他依然最终还是造反了。（参考资料：《清史稿》）